Субъекты империи стремились как можно более ограничить участие их воинских контингентов в боевых действиях за пределами собственных земель, отказывались платить военные взносы и пытались как можно скорее добиться заключения сепаратного мира с Францией. Уже в 1794 г. имперская коалиция начала распадаться. В 1795 г., заключив Базельский мир, из войны вышла Пруссия, за которой последовали северонемецкие государства, а в 1796 г. Баден и Вюртемберг.
Более стойкая австрийская армия продолжала вести военные действия и неизменно терпела поражения на всех фронтах. Наконец, в 1797 г. французская армия Наполеона Бонапарта вторглась из Италии на территорию наследственных владений Австрии. Весной 1797 г. был заключен Кампоформийский мир. Император Священной Римской империи германской нации, эрцгерцог Австрии Франц II, передавал Франции Бельгию и Ломбардию и соглашался на уступку левобережья Рейна, а взамен получил континентальные владения Венеции и право на увеличение австрийских владений в империи за счет церковных княжеств юго-восточной Германии.
В 1798 г. в Раштатте открылись мирные переговоры с Францией от имени империи, на которых началось обсуждение вопроса предоставления компенсаций бывшим правителям княжеств левого берега Рейна за счет секуляризации церковных владений. Переговоры провалились, но вспыхнувшая в 1799 г. война Второй коалиции (1799-1801), в которой Австрия попыталась добиться реванша, завершилась полным поражением союзников. Люневильским миром 1801 г. была признана аннексия Францией левого берега Рейна, в том числе земель трех духовных курфюрстов — Кельна, Майнца и Трира. Решение вопроса о территориальном возмещении пострадавшим немецким князьям было вынесено на рассмотрение имперской депутации. После длительных переговоров под нажимом Франции и России и при фактическом игнорировании позиции императора был принят окончательный проект реорганизации империи, который и был утвержден 24 марта 1803 г.
«Заключительное постановление имперской депутации» 1803 г. предусматривало кардинальную реорганизацию состава и структуры Священной Римской империи. Церковные владения на территории Германии были секуляризированы и большей частью вошли в состав крупных светских государств. Прекращали также свое существование в качестве субъектов имперского права почти все (за исключением шести) имперские города. Всего было упразднено, не считая аннексированных Францией земель, более 100 государственных образований в составе империи, а численность населения секуляризированных земель достигала трех миллионов человек. Причем наибольшие приращения в отношении территории и численности населения получили французские сателлиты Баден, Вюртемберг и Бавария, а также Пруссия, под власть которой перешла большая часть владений церкви в Северной Германии. После завершения территориального размежевания к 1804 г. в составе Священной Римской империи осталось около 130 государств, не считая владений имперских рыцарей.
Территориальные изменения повлекли радикальные изменения в составе рейхстага и коллегии курфюрстов. Были упразднены титулы трех церковных курфюрстов, а вместо них курфюрстшеские права были предоставлены правителям Бадена, Вюртемберга, Гессен-Касселя и эрцканцлеру империи Карлу-Теодору Дальбергу. В результате в коллегии курфюрстов, а также в палате князей имперского рейхстага, большинство перешло к протестантам и сформировалась сильная профранцузская партия. Ликвидация вольных городов и церковных княжеств — традиционно основной опоры империи — привела к потере империей устойчивости и полному падению влияния императорского престола. Священная Римская империя окончательно превратилась в конгломерат фактически независимых государств и утратила перспективы своего выживания как единого политического образования.
К концу XVIII века их число сократилось до 51. Решением имперской депутации 1803 г. большинство городов потеряло самостоятельность и вошло в состав немецких княжеств. К моменту роспуска Священной Римской империи в 1806 г. продолжало существовать лишь шесть свободных имперских городов: Любек, Гамбург, Бремен, Франкфурт, Аугсбург и Нюрнберг.
Когда Священная Римская империя еще существует, но уже разваливается, представляет из себя конгломерат ничем не связанных княжеств, возможно многое. Например, возникла реальная опасность того, что римским императором будет избран Наполеон. А почему бы и нет? В 1804 г. Наполеон Бонапарт посетил древнюю имперскую столицу Аахен и находящуюся там могилу Карла Великого.
Он прозрачно намекал, что лучше него императора нет и быть не может. Идее принятия Наполеона римской короны симпатизировал даже эрцканцлер империи Карл-Теодор Дальберг: он видел в этом шанс продолжить имперскую историю.
