Летом 1998 года силовые структуры как никогда были нужны Ельцину для предотвращения массовых беспорядков и даже возможной попытки государственного переворота. 25 июля Путину внезапно позвонил Юмашев и попросил встретить премьер-министра в аэропорту Внуково. Кириенко возвращался из Карелии, где встречался с проводившим там отпуск президентом. Сойдя с трапа, он сразу же направился к Путину. Между ними состоялся следующий диалог: "Володя, привет! Я тебя поздравляю!" Я говорю: "С чем?" А он: "Указ подписан. Ты назначен директором ФСБ". С этими словами Кириенко поспешил удалиться. До Путина еще в апреле доходили слухи о том, что Ельцин считает его верным и испытанным соратником, способным заменить шефа Федеральной службы безопасности Николая Ковалева, не внушающего больше доверия. Ведь после весеннего правительственного кризиса кое-кто из ближайшего окружения президента начал потихоньку перебегать в лагерь сторонников Лужкова. Путин же еще в Санкт-Петербурге всем своим поведением доказал, что не способен на предательство.
По прямому указанию Ельцина первый заместитель главы его аппарата еще более усилил контроль за экономико-финансовой сферой вообще и распределением в регионах полученных от Центра дотаций в частности. В статье, опубликованной в газете "Франкфуртер Альгемайне Цайтунг", Кристина Гофман подчеркивала, что Путин, еще будучи начальником Контрольного управления, "сумел раздобыть сведения, касающиеся негативных аспектов деятельности многих губернаторов, и тем самым дал президенту возможность оказывать на них давление".
Как известно, Путин уволился из КГБ в звании подполковника. По традиции, органы безопасности СССР и России всегда возглавляли генералы в высоких чинах. Но Путин прекрасно понимал, что присвоение ему генерального звания произведет крайне неблагоприятное впечатление на подчиненных. Ведь к этому времени он даже не числился на военной службе. Кроме того, многие опытные контрразведчики были очень недовольны тем, что их новым руководителем стал бывший офицер разведки. Некоторых из этих ветеранов Путин позднее вывел из штата или перевел на работу в провинцию.
В новой должности Путину пришлось столкнуться с целым рядом, казалось бы, неразрешимых проблем. Во-первых, вездесущий Березовский немедленно принялся утверждать, что в свое время нескольким сотрудникам ФСБ было поручено убить его. Он усиленно тиражировал эти слухи в подконтрольных ему СМИ, и противостоять этому валу "черного пиара" было очень нелегко. В конце концов проведенное по инициативе Путина служебное расследование доказало, что нет никаких оснований обвинять бывших руководителей ФСБ в намерении ликвидировать одного из самых богатых и влиятельных российских бизнесменов. Во-вторых, "семья" не скрывала, что поставила во главе одной из мощнейших силовых структур лояльного по отношению к ней человека; целью этого назначения было еще в процессе подготовки к решающей стадии "битвы за Кремль" с помощью этого человека нейтрализовать Лужкова, Зюганова и других реальных претендентов на президентское кресло. Путин был вынужден считаться с ее требованиями. В частности его сотрудники по-прежнему следили за чиновниками президентской администрации и прослушивали их служебные телефоны. Однако новый директор ФСБ всячески препятствовал превращению этой службы в "щит и меч" власть предержащих, в том числе прокремлевской олигархической группировки, и требовал от ее офицеров строгого соблюдения правовых норм.
