Тем временем Путин окончательно сделался полноправным членом президентской команды. В отличие от таких высокопоставленных сотрудников аппарата Ельцина, как Ястржембский, Кокошин, Савостьянов, Шахрай и Панин, он вовсе не собирался покидать "верховного правителя" и переходить на сторону возглавляемой Лужковым региональной фронды. "семья" полностью доверяла директору ФСБ, видя в нем одного из важнейших союзников и едва ли не главного защитника ее стратегических интересов. Путин, непосредственно подчиненный Бордюже, провел основательную реорганизацию подведомственной ему спецслужбы, нейтрализовал влияние сторонников Примакова и назначил на руководящие посты бывших коллег из Санкт-Петербурга. Напомним, что этим он начал заниматься еще будучи первым заместителем главы президентской администрации. Генерал Виктор Черкесов, с которым Путин дружил еще с юных лет, когда они вместе учились в университете, а затем работали в ленинградском филиале Первого главного управления КГБ, стал заместителем директора ФСБ, курировавшим борьбу с экономическими преступлениями. Другой соученик и сослуживец Путина, генерал Сергей Иванов, возглавил важнейшее Управление анализа и стратегического планирования. В августе 1998 года Путин назначил его своим заместителем. Наконец, еще один сослуживец по ленинградскому Управлению КГБ генерал Александр Григорьев занял пост начальника Управления экономической безопасности. Расширенный состав коллегии ФСБ насчитывал теперь семнадцать человек. Путин усилил также структуры ФСБ на местах и полностью вывел их из-под контроля губернаторов. В центральном аппарате он создал три новых подразделения, ответственных за стабильность ситуации в регионах (отдел "Т"), защиту конституционного строя и безопасность "компьютерных систем". По его прямому указанию офицеры ФСБ начали регулярно проверять сайты в Интернете. По слухам, Ельцин даже приказал Путину "соответствующим образом ориентировать" все спецслужбы страны на подготовку к будущей президентской кампании.
Кириенко надеялся, что новый глава ФСБ поможет ему в борьбе с экономической преступностью и в первую очередь со злостными неплательщиками налогов. Жесткие методы, применяемые для выявления "мелкой рыбешки", резко контрастировали с очевидной неспособностью правительства всерьез заняться влиятельными финансово-промышленными группами, чей суммарный долг перед бюджетом достиг фантастической величины. После начала кризиса министры экономического блока стали регулярно встречаться с олигархами, но эти "саммиты" больше напоминали деловые переговоры равноправных партнеров, а не "акции давления", организованные высокопоставленными чиновниками, осознавшими, наконец, свою ответственность перед страной и готовность любыми средствами установить в экономике равные правила игры.
Команде Кириенко явно не хватало политической воли. Ей так и не удалось одолеть коррупцию, глубоко проникшую во все звенья государственного аппарата. Сотрудники налоговых органов также брали взятки, поскольку их среднемесячная зарплата равнялась приблизительно 74 долларам. Проведенная Счетной палатой проверка выявила вопиющие факты разворовывания кредитов Международного валютного фонда и Всемирного банка. Как минимум одна шестая часть бюджета использовалась не по назначению. Зависимость России от западных кредиторов была настолько сильной, что в Москве даже заговорили об угрозе национальной безопасности страны.
С 26 марта 1999 года Путин был назначен секретарём Совета безопасности Российской Федерации, сохранив за собой пост директора ФСБ России.
В конце марта 1999 года Ельцин решил расстаться с Бордюжей. Хозяин Кремля и его "семья" нашли более подходящего и, несомненно, гораздо более одаренного человека, способного как никто другой, решить проблему преемственности власти в стране. Путин получил новое назначение, но сохранил за собой пост директора ФСБ. В должности секретаря Совета безопасности он получил возможность распоряжаться важнейшими рычагами власти, которыми всегда являлись силовые структуры.
В марте в ФСБ вновь были произведены кадровые перестановки. На этот раз полетели головы нескольких уличенных в коррупции высокопоставленных сотрудников ее территориальных управлений. Примаков во всеуслышанье пожаловался на непрерывную "кадровую чехарду" в этой спецслужбе. Путин не только спокойно выслушал обвинения в свой адрес, но и вместе с членами коллегии ФСБ явился в кабинет Примакова в Белом доме и на конкретных примерах доказал премьер-министру, что новые назначения никоим образом не дезорганизовали систему управления одной из важнейших российских силовых структур.
Громкие имена Примакова совершенно не смущали. Развернутая им кампания по борьбе с коррупцией была прямо направлена против финансовой империи Березовского. Премьер-министр не скрывал, что намерен посадить его в тюрьму. В ответ Березовский обвинил Примакова в подрыве устоев демократии. Между ними разгорелась борьба не на жизнь, а на смерть. В нее был сразу же вовлечен и директор ФСБ Путин.
