Однако победа была недолгой. Орден владел Восточным Поморьем всего 150 лет. В 1466 году, по Второму Торуньскому миру, он его утратил, но не потому, что полвека тому назад пошел против закона, а потому, что таков был приговор всемирной истории. Путь от завоевания Поморья до распада государства ордена в 1525 году не был ровным и гладким. Было бы неверно думать, что более двух столетий единственной политической задачей Польши являлось отвоевание Поморья и ликвидация государства ордена. Впрочем, эта задача то и дело всплывала, в зависимости от ситуации в Польше или в ордене.
В связи с этим не последнюю роль играло то, что одновременно с борьбой за Поморье орден был втянут и в другие конфликты, прежде всего в борьбу, которую вели с ним архиепископ Рижский и город Рига.
Последнему конфликту предшествовала долгая история; он возник в те годы, когда в Ливонии утвердился Орден меченосцев. Это был в известной степени классический конфликт между епископом и духовно-рыцарским орденом: так случалось еще в Святой Земле. Победителем в Ливонии не вышел никто — ни епископ, ни орден. Власть над Ливонией поделили, и Немецкий орден стал преемником Ордена меченосцев; его власть в Ливонии была иного характера, чем в Пруссии, где епископы не имели политической самостоятельности (см. с. 150). Поэтому неудивительно, что орден пытался и в Ливонии по возможности воссоздать прусские властные структуры, то и дело вступая в яростное противоборство с архиепископом Рижским. Архиепископ Фридрих почти все время своего правления (1304–1341 гг.) провел в изгнании, при Папской курии, находившейся тогда в Авиньоне.
В то время, как орден вел борьбу за Поморье, архиепископ подал на него жалобу. В 1311 году в Ливонию прибыл известный; церковный деятель, итальянец Франческо де Мольяно с поручением выслушать свидетельства по жалобам на Немецкий орден. При нем был список из 230 жалоб. Предметом некоторых из них, например 25-й, было завоевание Поморья.
До сведения Папы доводилось, что братья ордена вероломно напали на землю князя Краковского и Сандомирского, то есть короля Польского, а в Гданьске убили более 10 000 человек, в том числе и грудных младенцев, которых щадили даже враги веры — язычники.
Впрочем, эта жалоба не усугубила положения ордена, но дала ясно понять, какая вполне реальная опасность подстерегает его, ибо в те годы был упразднен Орден тамплиеров, по образу и подобию которого был некогда создан Немецкий орден. Когда в 1291 году пал последний оплот крестоносцев в Святой Земле, политической целью французского двора стал захват бывших владений упраздненного духовно-рыцарского ордена в Европе. Король Французский порывался объединить все духовно-рыцарские ордены под своим началом, но безуспешно. Зато под его давлением Папа упразднил Орден тамплиеров, рыцари которого во Франции были объявлены еретиками, подвергнуты пыткам и многие сожжены как вероотступники; сам орден был упразднен 3 апреля 1312 года.
Известно, что Немецкий орден в то время не был упразднен, хотя, судя по источникам, такие планы строились, но с позиций той эпохи все виделось иначе. Когда папский судья прибыл в Ливонию, со времени инквизиционного процесса над французскими тамплиерами минуло четыре года. Подобная судьба могла постичь и Немецкий орден.
Однако у Пруссии и Ливонии было то преимущество, что рядом не было ни Папы, ни какого бы то ни было (и это главное) властного, подобного королю Французскому светского князя. В то время духовно-рыцарский орден в Пруссии чувствовал себя в большей безопасности, чем в Италии или во Франции. Не исключено, что именно поэтому верховный магистр перенес тогда место своей резиденции в Пруссию. После падения Акры он сначала пребывал в Венеции. В 1309 году орден стал управляться из Мариенбурга.
Только тогда Пруссия стала подлинным центром ордена. По прошествии веков процесс кажется вполне логичным: от Золотой буллы из Римини до Мариенбурга — так его нередко представляет. Но с точки зрения современников все выглядело иначе. Перенос резиденции верховного магистра в Пруссию сопровождался серьезным кризисом. Незадолго до того в орденский устав было включено положение, запрещавшее верховному магистру самовольно менять место своей резиденции. Внутри ордена возникли разногласия. Избранный в 1311 году верховный магистр Карл Трирский вскоре вынужден был сложить свои полномочия. Он вернулся на родину и там вновь вступил в должность верховного магистра, до самой смерти (1324 г.) управляя орденом не из Мариенбурга, а из Трира. Новая резиденция верховных магистров не стала в то время центром ордена.
Впрочем, ни новая резиденция, ни далекий Мариенбург не гарантировали свободы от папских притязаний. Туда добрался папский судья, а вместе с ним и папское отлучение. Франческо де Мольяно немедленно отлучил верховного магистра и братьев Пруссии и Ливонии от Церкви.
