Все это послужило причиной Тринадцатилетней войны, в ходе которой страна подверглась чудовищному разорению. Война завершилась в 1466 году Вторым Торуньским миром, по которому орден должен был уступить самую обширную и плодородную часть страны по обоим берегам Вислы, в том числе Данциг и Мариенбург. Ордену оставалась лишь будущая Восточная Пруссия. Столицей и резиденцией верховного магистра отныне стал Кёнигсберг. Утраченные части государства ордена были инкорпорированы Польской Короной как автономные области, ибо в Тринадцатилетней войне против ордена сражались не только прусские сословия, но и король Польский Владислав V. Впрочем, в ней участвовали не только рыцари ордена, с одной стороны, и прусские рыцари и Польша — с другой, но и множество наемников. Исход войны решал тот, кто мог платить наемникам высокое жалованье, и здесь преимущество было на стороне противников ордена, с их экономически развитыми городами, особенно Данцигом. Недаром к падению Мариенбурга, главной резиденции ордена, привела не успешная осада замка противником, что едва не случилось после битвы при Танненберге. Осажденный и в этот раз, Мариенбург пал потому, что орден отдал его в залог своим наемникам под невыплаченное жалованье, и, когда все сроки истекли, замок был продан.
Борьба прусских сословий с орденом в союзе с Польшей и последующая инкорпорация почти всей Пруссии в Польскую Корону виделась большинству историков XIX–XX веков предательством по отношению к нации. Ныне никто не будет возражать против неисторичности этого приговора. В данной войне противниками не были две нации. Впрочем, речь шла и не о борьбе сословий против ордена, и не о злоупотреблении правом сопротивления. Однако для Польши союз с прусскими сословиями объяснялся длившимся десятки и сотни лет противоборством Польши и Немецкого ордена. Борьба Польши с орденом и Второй Торуньский мир оправдывали былые притязания, о которых заявила Польша в XIV веке государству ордена и которые достигли кульминации на Констанцском соборе (см. с. 167), где выдвигалось требование упразднить государство ордена в Пруссии. Кое-кому из кульмской знати были на руку и тесные связи со знатью соседних польских регионов. Привилегии польских сословий вызывали желание обрести такие же привилегии и в Пруссии. Но, по сути, в Тринадцатилетней войне с породившим ее противоборством и ее итогом, Вторым Торуньским миром, мы имеем дело с типичным для Средневековья конфликтом между сословиями и сюзереном, что, впрочем, учитывая границы данного региона и тот факт, что сюзерен был не князем, а духовно-рыцарским орденом, имело свои особенности. Не стоит упрекать сословия в предательстве нации, равно как не стоит испытывать к ним сочувствие, порожденное современными представлениями о демократии. Сословия представляли для ордена, как и для любого сюзерена того времени, группу олигархов, богатых и властных лиц города и деревни. Впрочем, орден не раз использовал это в своих интересах. Бывало так, что орден объединялся с представителями низших слоев какого- либо города против правящей в нем олигархии, в которую входили представители выступавших против него сословий.
Прусскими противниками ордена были самые могучие подданные, которые скорее всего могли заявить о своей политической воле и заключить союз с другими. Поэтому они занимали преимущественно самые развитые регионы с крупными городами, где знать была сильна и где они могли моментально удовлетворить свои притязания. И потому уже упомянутый территориальный итог Торуньского мира не случаен. Орден должен был уступить наиболее развитые регионы, в которых сословия оказывали особенно упорное сопротивление.
Положение государства ордена в Пруссии после Второго Торуньского мира было неустойчивым. Он потерял не только большую, но и лучшую часть былых владений. К этому присовокуплялись и новые условия мира. Ордену пришлось не только возместить убытки региона, но и признать власть короля Польского над тем, чем орден еще владел. Он был обязан в оговоренных случаях оказывать военную помощь королю Польскому, а также изменить свою структуру. По Второму Торуньскому миру предусматривалось, что в будущем орден едва ли не на 50 % будет состоять из поляков.
Правда, такое условие противоречило основному закону ордена. Немецкий орден, как его называют ныне и как называли уже в XV веке, по уставу вовсе не был обязан принимать только немецких рыцарей. Однако на деле прием ненемцев, чему до конца XIV века было немало примеров, с тех пор почти прекратился. Пополнение Немецкого ордена польскими рыцарями существенно изменило бы положение, но до этого не дошло. Второй Торуньский мир не претворился в жизнь ни в этом отношении, ни, в общем, и в других, ибо Папа, чье согласие было необходимо, не ратифицировал Второй Торуньский мир. Впрочем, территориальные условия его реализовались и были действительны до самой секуляризации остатков государства ордена в 1525 году.
