Развернулась беспощадная борьба с махновцами и всеми, кто их поддерживал. Военным властям и заградотрядам приказывалось железной рукой наводить революционный порядок и дисциплину, применять к врагам народа только одну кару — расстрел. 6 июня приказом Троцкого был создан Чрезвычайный военное-революционный трибунал под председательством Пятакова, который с 12 июня в Синельниково начал выжигать «язву провокации, григорьевщины и махновщины»[50]. Позднее командование Красной Армии заявило, что Махно «открыл фронт белогвардейцам». Это — одна из укоренившихся в литературе легенд. Махно не сумел закрыть 100-верстный участок прорыва, но свой прежний участок удерживал вплоть до середины июня. В донесениях соседа Махно — 13-й армии — нет даже намека на его измену. Имеются лишь сведения о тяжелом положении махновской бригады и попытках помочь ей. 18 мая начштаба 9-й дивизии в оперсводке констатировал: «Части бригады Махно, 15-й Украинский и 9-й Заднепровский полки — отходят к западу, под давлением противника»[51]. 20 мая начдив-9 отдал приказ о наступлении на белых при тесном взаимодействии с левофланговыми частями бригады Махно.
Достаточно объективную оценку причин поражения отрядов Махно дал Бубнов на заседании ВУЦИК 21 июня 1919 г.: «Генерал Деникин прекрасно организовал свою армию, а еще лучше поставил разведку. Ему было хорошо известно состояние бригады „батьки“ Махно, что фактически и привело к катастрофе. Поэтому, создав в районе действий этой бригады ударный кулак, он нанес удар именно по этой бригаде, деморализовав ее, и вынудил бежать, зашел в тыл нашим частям на этом участке фронта»[52]. 10 июня Махно направил телеграмму Ленину, Троцкому, председателю Петроградской коммуны Г. Е. Зиновьеву, Каменеву, Раковскому и Ворошилову, в которой сообщил о своей преданности революционному делу и объяснил происшедший разрыв с Красной Армией нападками на него со стороны «представителей центральной власти». Махно хотел оправдаться также перед своими повстанцами и крестьянством и поэтому опубликовал текст телеграммы 30 июня в анархистской газете «Набат».
Оставив основные свои силы в частях РККА, расставшись с Аршиновым и другими «набатовцами», батька с немногочисленным отрядом отступил в глубь Украины, где нападал на небольшие гарнизоны Красной Армии. Соединившись в середине июля 1919 г. с разбитым Красной Армией атаманом Григорьевым, батька уступил ему должность командующего, начштаба был назначен брат батьки Григорий, сам же он возглавил Реввоенсовет. Махно в то время находился в с. Песчаный Брод, на родине новой жены Галины, где «сражался» преимущественно с тестем — бывшим жандармом А. Кузьменко, который не хотел признавать гражданского брака своей дочери и Махно.
Попытавшись публично разоблачить Григорьева как агента белогвардейцев, Махно и его ближайшие сподвижники решили убрать атамана. 27 июля в с. Сентово они осуществили это, разослав телеграмму: «Всем. Всем. Всем. Копия — Москва, Кремль. Нами убит известный атаман Григорьев. Подпись: Махно. Начальник оперативной части Чучко»[53]. Одним из первых получил ее Ворошилов, который еще 29 мая объявил, что выдаст 100 тыс. руб. тому, кто живым или мертвым доставит ему Григорьева[54]. Махно награды не потребовал, а лишь присоединил к своему войску григорьевцев. Троцкий опубликовал 4 августа в газете «В путь» статью «Махно и другие», предсказывая быструю политическую смерть и григорьевщине, и махновщине. Но он ошибся.
Наоборот, в условиях деникинского нашествия звезда батьки взошла вновь. Очутившись в тяжелом положении, части Красной Армии уходили с Украины. Для крестьянства приход Деникина был более тяжелым крахом надежд, чем политика «военного коммунизма». Их страшило возвращение помещиков, которые отбирали свои земли и имущество, наказывали участников разграбления поместий и конфисковывали выращенный на полях урожай. Поэтому крестьянство поднялось на борьбу с деникинцами. Чтобы объединить силы, понадобился вождь, которым и стал батька Махно. К нему примкнул также ряд красноармейских частей. Объясняя поворот от войны с «коммунией» к войне против белогвардейщины, Махно заявил: «Главный наш враг, товарищи крестьяне, — Деникин. Коммунисты — все же революционеры… С ними мы сможем рассчитаться потом. Сейчас все должно быть направлено против Деникина»[55].
31 августа состоялось воссоединение махновских сил. 1 сентября возле с. Добровеличковка батька провозгласил создание «Революционной повстанческой армии Украины (махновцев)». Ее с двух сторон теснили деникинцы и петлюровцы. Махно проявил незаурядные дипломатические способности. Воспользовавшись разногласиями между Петлюрой и Деникиным, он заключил 20 сентября договор с первым, чтобы добыть себе оружие и боеприпасы, и в то же время предпринял попытку ликвидировать Петлюру, а затем возглавить его войска. Акцию запланировали на 26 сентября, когда тот приехал в Умань для встречи с батькой[56]. Однако в городе оказалось столько сечевиков, что махновские боевики не рискнули устроить покушение.