Осенью 1920 г. войска Врангеля захватили «махновский район». Росло недовольство местных крестьян. Они вместе с анархистами снова пошли за батькой, рассчитывая создать свое «безвластное государство». В целом попытки таких видных деятелей анархистского движения, как В. Волин (В. М. Эйхенбаум) и А. Барон, подчинить себе батьку оказались безуспешными, и Всеукраинская конференция «набатовцев» в сентябре 1920 г. констатировала, что Махно перестал быть анархистом[63]. В этой связи встает вопрос о его программе. Еще 20 октября 1919 г. на заседании Военно-Революционного Совета махновской армии эта программа была оглашена самим Махно. Она сводилась в основном к борьбе с политикой «военного коммунизма», защите деревни от города, ликвидации эксплуатации крестьянства со стороны кого бы то ни было, к собственности крестьян на землю и ее плоды, уничтожению диктатуры пролетариата, ликвидации руководящей роли компартии и командно-бюрократических слоев населения, передаче власти беспартийным Советам в волостях, городах и губерниях, проведению «третьей социальной революции» для свержения большевиков и установления истинно народной власти. Потом эта программа, модифицируясь, в основном сохранялась.
Но в условиях врангелевского наступления Махно ничего не оставалось, как пойти на очередное соглашение с Советской властью. Оно было подписано 2 октября 1920 г. в Старобельске[64]. Личного участия в боях с врангелевцами батька уже не принимал, потому что 28 августа был тяжело ранен. Пока его «сынки» форсировали Сиваш, брали Симферополь и Евпаторию, он надеялся, что после завершения боев в Крыму части Красной Армии перейдут на его сторону и он развернет новый этап борьбы за «свободные Советы». Однако командующий Южным фронтом М. В. Фрунзе приказами от 23 и 24 ноября начал полную ликвидацию махновщины. Чтобы выманить батьку из его района, ему предложили выступить на Южный Кавказ для дальнейшей борьбы с контрреволюцией. Махно отказался выполнить это распоряжение. 26 ноября, вырвавшись из окруженного красными частями Гуляйполя, он начал изнурительную борьбу против Советской власти.
Важную роль разгрома махновщины подчеркивал Ленин. Этим вопросом занимались также ЦК КП(б)У и Совнарком УССР. Под председательством Раковского было создано Постоянное совещание по борьбе с бандитизмом на Украине. Руководил боевыми операциями против «зеленых» командующий войсками Харьковского военного округа и помощник командующего Вооруженными Силами Украины и Крыма Р. П. Эйдеман. В 1921 г. от армии Махно остался лишь конный отряд, который поддерживали главным образом богатые крестьяне. Сделав ставку на кавалерию и тачанки, Махно впервые остался с глазу на глаз с Красной Армией. Он, отвлекая на себя около 60 тыс. человек, почти на год задержал начало мирного строительства в тех местах. Объективно он был обречен. Сочетая экономические, политические и военные мероприятия, Советская власть ликвидировала социальную основу, которая питала махновщину, и настроила против батьки бедняков. Действовала и благоприятная для крестьян обстановка НЭПа.
Летом 1921 г., потерпев ряд поражений, Махно устремился на Дон, оттуда перебрался в Поволжье, увидел, что надвигается голод, и ускакал на запад. Понимая, что нужно уходить за рубеж, Махно предложил сотоварищам идти в Галицию и там поднять восстание. Его соратники считали лучшим вариантом принять участие в борьбе турецкого народа за независимость под руководством Кемаля Ататюрка. Однако постоянно преследуемый красноармейскими частями и 11 раз раненный, Махно вместе с 78 фанатично преданными ему бойцами перешел 28 августа 1921 г. границу с Румынией возле Ямполя. Бухарестское правительство разрешило Махно, его жене и товарищам поселиться в Румынии. 11 апреля 1922 г. батька и 17 его соратников были переправлены в Польшу, где попали в лагерь для интернированных.