На вершину иерархии Третьего рейха Функа вознес конфликт Гитлера и Ялмара Шахта (который в 1945 году оказался «подельником» Функа в Нюрнберге). Функ был выбран в качестве преемника Шахта – эта замена была абсолютно неравноценной, но Гитлеру это и не надо было – ему требовался исполнитель, а не политик. Тем более что в это время значение поста министра экономики было уже не столь велико, как в 1933 году. Большинство важнейших экономических вопросов Третьего рейха к этому времени сосредоточилось в руках Геринга, как генерального уполномоченного по четырехлетнему плану. А Геринг, пока еще постоянно побеждавший в борьбе компетенций, активно поддержал отставку Шахта и лично рекомендовал Гитлеру кандидатуру Функа – ему нужен был во главе Министерства экономики «свой» человек, который не смог бы составить ему конкуренцию. Как бы то ни было, Функ 5 февраля 1938 года с поста пресс-секретаря был перемещен на должность имперского министра экономики и генерального уполномоченного по вопросам военной экономики. 20 января 1939 года Функ стал также президентом Имперского банка (вместо все того же Шахта), а в августе 1939 года – членом Совета по обороне рейха. Но если эти важнейшие посты в руках Шахта были действенным и влиятельным оружием, то неавторитетный и безынициативный Функ очень быстро удовлетворился вспомогательной ролью, в результате чего его министерство превратилось во второстепенное и фактически филиал ведомства Геринга.
В качестве генерального уполномоченного Функ курировал тем не менее работу хозяйственных министерств: экономики, продовольствия и сельского хозяйства, труда и т. д., а также нес ответственность за финансирование обороны Германии в рамках Имперского министерства финансов. Он осуществил меры по окончательному изгнанию евреев из экономики Германии, подписав 12 ноября 1938 года Закон «Об изгнании евреев из экономической жизни Германии». В его министерстве был составлен закон, по которому с 1 января 1939 года евреям запрещалось иметь магазины розничной и оптовой торговли, а также мастерские; 9 августа 1940 года Функ закрыл евреям доступ к их активам в банках и других финансовых учреждениях.
25 июля 1940 года Функ представил свою концепцию экономической реорганизации Европы – т. н. план Функа, содержавший новые принципы денежно-кредитной, торговой и промышленной политики на Европейском экономическом пространстве. Целью экономики «Новой Европы» названо обеспечение «максимальной экономической безопасности» Великогерманского рейха и обеспечение «максимального потребления товаров для увеличения национального благосостояния» немецкого народа.
С должностью президента Имперского банка было связано и одно из самых тяжелых обвинений Функа. Он оказался причастным к т. н. счету Макса Хайлигера. Это был особый депозитный счет, который был открыт в августе 1942 года в Имперском банке на вымышленное имя некого Макса Хайлигера; в действительности принадлежал Главному административно-хозяйственному управлению СС. О подлинных хозяевах счета в банке знали лишь пять человек: собственно Вальтер Функ, директор Эмиль Пуль, главный кассир Кропф, директор Фромкнехт и клерк Томс. На счет из концлагерей и лагерей смерти поступали изъятые у узников ценности: валюта, ценные бумаги, ювелирные украшения, переплавленные в слитки золотые зубные коронки, драгоценные камни, предметы антиквариата. Только из лагерей смерти на счет поступило около 4,5 тысячи слитков золота (каждый весом примерно 14 килограммов). В то же время из-за невысокого профессионализма Функа руководство Имперским банком фактически сосредоточилось в руках его заместителя Эмиля Пуля[122].
Во время войны значение Функа и его министерства упала еще больше. Его покровитель Геринг растерял большинство своих полномочий, а руководство промышленностью фактически было изъято из ведения Минэкономики и перешло к Имперскому министерству военной экономики Альберта Шпеера (другой экономики в Германии уже и не оставалось). 4 февраля 1943 года Функ распорядился закрыть все ремесленные, торговые и предприятия общественного питания, не имеющие отношения к военной экономике. В сентябре 1943 года Шпеер как бы в насмешку ввел Функа в состав находящегося при нем Центрального штаба по планированию.
