В сентябре 1936 года вышло постановление правительства о назначении Геринга генеральным уполномоченным по четырехлетнему плану. (Четырехлетним он был назван потому, что Гитлер объявил, что в течение четырех лет Германия должна стать абсолютно независимой от зарубежных поставок и быть в состоянии вести войну в условиях враждебного окружения.) Целью этого плана стало как раз достижение той самой автаркии, которой так не хотел заниматься Ялмар Шахт. Он также постоянно высказывал большие сомнения по поводу целесообразности политики автаркии, критиковал неэффективность синтеза бензина из угля, указывал на низкое качество немецкой железной руды и невозможность отказа от экспорта и т. д. Шахт называл автаркию пустой тратой ресурсов.
Постепенно к Герингу начало переходить управление военной и тяжелой промышленностью. Шахт первоначально поддержал назначение Геринга – банкир считал четырехлетний план невыполнимой задачей, но планировал использовать плохо разбиравшегося в экономике и финансах Геринга в качестве марионетки и использовать его авторитет в партийных кругах для проведения собственной политики. Однако Геринг не захотел играл роль чисто представительской фигуры и развернул бурную деятельность, постепенно отрывая у Шахта все новые и новые куски компетенции. 30 января 1937 года Шахт был награжден Золотым партийным значком и стал членом НСДАП (билет № 3 805 230). В подобной ситуации Шахт, мнение которого Гитлер стал откровенно игнорировать, начал требовать отставки, которую Гитлер до поры до времени отклонял.
В августе 1937 года в Оберзальцберге Шахт вновь потребовал отставки. Но Гитлер не хотел отпускать Шахта, причем не по причине его финансовых знаний и умения – Шахт был нужен Гитлеру, чтобы поддерживать реноме своего режима в международных финансовых кругах, где имя Шахта много значило. Шахт был как бы своеобразным Нейратом в экономике. В результате был достигнут компромисс – 5 сентября Шахт ушел в отпуск, а 5 февраля 1938 года был заменен на посту министра экономики и генерального уполномоченного по военной экономике креатурой Геринга и будущим нюрнбергским подсудимым Вальтером Функом. По настоянию Гитлера Шахт остался в составе правительства в качестве имперского министра без портфеля и сохранил пост президента Имперского банка. На этом посту в 1938 году после аншлюса Австрии он руководил конфискацией средств Австрийского национального банка и включением банковской системы Австрии в общегерманскую – операция опять же была проведена быстро и без потерь (в чем, впрочем, сыграло свою роль не только искусство Шахта, но и то, что Австрия совершенно не противилась аншлюсу).
К тому времени Шахт, будучи человеком проницательным и знающим, уже мог вполне точно спрогнозировать будущее развитие Германии – создавая военную промышленность, он надеялся, что именно это станет гарантией от начала новой войны. Теперь он понимал, что все его действия приводят к диаметрально противоположному результату. 7 января 1939 года он направил Гитлеру письмо, в котором указывал на то, что курс, проводимый правительством, приведет к краху финансовой системы Германии и гиперинфляции, и потребовал передачи контроля за финансами в руки Имперского министерства финансов (которое возглавлял не нацист, а консерватор – граф Лутц Шверин фон Крозиг) и Имперского банка. Подобное вмешательство в свою политику Гитлер уже терпеть не мог и поступил совсем не так, как того требовал Шахт: 20 января 1939 года место президента Имперского банка занял все тот же Функ. Шахт же пока сохранил пост имперского министра без портфеля – никаких обязанностей, правда, в этой должности он не получил.
В сентябре 1939 года Шахт резко выступил против планов войны с Польшей и даже пытался оказать давление на командование армией, связавшись с рядом оппозиционно настроенных военных – однако не имевшие аналогов успехи вермахта спутали его планы. После начала войны с СССР он стал еще более критично относиться к режиму – он поддерживал связи с оппозиционерами (которые позже стали заговорщиками) и позволял себе открыто фрондировать – это при том, что он де-юре оставался членом правительства. 30 ноября 1942 года – т. е. еще до катастрофы Сталинграда – Шахт направил Гитлеру резкое письмо с критикой режима, заявив, что Германия проигрывает войну. Сначала Гитлер на письмо особого внимания не обратил, но когда в январе 1943 года капитуляция армии Паулюса еще раз подтвердила выводы Шахта, фюрер пришел в ярость. 21 января он уволил Шахта с поста имперского министра без портфеля со следующей формулировкой: «Ввиду вашего общего отношения к нынешней мужественной борьбе немецкого народа фюрер решил прежде всего сместить вас с поста министра рейха». Одновременно Шахт был исключен из Прусского ландтага, и от него потребовали вернуть Золотой партийный значок.
