Предостережение оказалось ненапрасным, потому что вскоре один за другим последовали острые конфликты между Новгородом и Ганзой, во время которых 11 немецких купцов были арестованы, закованы в железо и размещены по дворам новгородцев. Конфликт 1420–1421 гг. был улажен заключением в 1423 г. договорной грамоты, которую подписали от имени ганзейских городов послы Ревеля, Дерпта и Риги. Однако уже в следующем году произошло ограбление новгородских купцов у берегов Ливонии, в ответ на которое в Новгороде было задержано 150 ганзейских купцов. Им категорически запрещалось выходить со двора и даже предполагалось посадить их в тюрьму.
Трудности купцов усугубились происшедшим в 1425 г. новым большим пожаром, во время которого Немецкий двор сгорел, а у Готского выгорела часть ограды. Этот пожар отмечен в Новгородской летописи следующим сообщением: «Погоре Торговая сторона и Людин конец весь». Осенью 1425 г. очередной конфликт был улажен, чему немало способствовал новгородский архиепископ. После этого немецкие купцы приступили в очередной раз к восстановлению частоколов и различных построек, необходимых для жилья и хранения товаров. При этом им было указано ввиду недостатка средств строить лишь самое необходимое.
Заботы о ремонте церкви, проведении водоотводной трубы на Немецком дворе стали одними из главных по устройству ганзейской конторы в Новгороде в 30-е годы XV столетия. В апреле 1431 г. немецкие купцы писали о своих проблемах в Дерпт: «Достопочтенные господа, знайте, что церковь здесь, в Новгороде, требует ремонта, потому что крыша очень сильно разрушена и в настоящее время имеет много дыр, так что в церкви даже опасно находиться. Да убережет Бог от того, чтобы возник пожар. Далее, дорогие друзья, церковь в нижней своей части очень обветшала, как ваши послы установили, которые сами это смогли видеть. Руководители двора и купцы, которые здесь тогда были, доводят это до вашего сведения вместе с другими пунктами.
И мы опасаемся, что церковь поддастся и свод рухнет, отчего купечество потерпит много убытков и неудобств. Поэтому, дорогие господа, позаботьтесь об этом, ведь теперь можно починить церковь при небольших расходах, потом это будет стоить больших денег. Далее, мы просим Вас знать, что мы здесь имеем большие неприятности на Немецком дворе из-за воды, потому что участок двора заболачивается изо дня в день, так как вода не имеет стока со двора. Поэтому Лауренсий Хоне, приказчик двора, разговаривал со старостами улицы о проложении трубы через участок двора, и нам кажется, что старосты улицы хотят ходатайствовать об этом перед Новгородом, чтобы это можно было осуществить, чтобы проложить трубу от церкви, что стоит перед Немецким двором. Это нужно поскорее сделать, так как позже потребует больших расходов (взяток. —
Высказанные купцами просьбы надолго стали предметом переписки ливонских городов между собой и с ганзейской конторой в Новгороде. Рига в связи с жалобами купцов просила Дерпт принять меры по сохранению церкви, пока она совсем не развалилась. Поскольку в Ревель было отправлено аналогичное письмо самими немецкими купцами, Дерпт в своем донесении туда ограничился обсуждением практической стороны дела, т.е. предлагал послать в Новгород хорошего каменщика, который мог устроить покрытие церкви и заодно определить дефекты фундамента и стен, чтобы подготовиться к основательному ремонту церкви в будущем году.
Вскоре, в августе 1432 г., немецкая церковь в Новгороде была приведена в порядок, о чем приказчик двора Тидеке Визе уведомлял Дерпт. Трудно сказать, чьими силами осуществлялся ремонт. Не исключено, что к этому делу были привлечены и новгородские мастера, поскольку было сделано лишь самое необходимое: покрыта церковь, поставлены столбы для ее укрепления, восстановлена в отдельных местах штукатурка. Очевидно, затянувшаяся переписка между городами о посылке и оплате каменщиков заставила руководство двора с согласия Дерпта нанять мастеров на месте и произвести срочный ремонт. Из той же записки известно, что купечество, предварительно договорившись с Дерптом, хорошо оплатило работу каменщиков, дав каждому сверх определенной заранее суммы сукно на кафтан.