В период конфликта 1406–1409 гг. ганзейские купцы продолжали посещать Новгород, поскольку запрета на торговлю города не объявляли. Вместе с тем из-за отсутствия во дворе скры и печатей немецкое купечество испытывало большие неудобства. Купцы жаловались в Дерпт, что их права в Новгороде постоянно нарушаются, потому что во дворе нет скры, статьями которой они могли бы руководствоваться, и просили вернуть им отправленные в 1406 г. скру и печать для воска. Что касается запечатывания донесений конторы, администрация двора вынуждена была использовать для этой цели личные печати купцов. В решении этого вопроса приняли участие все ливонские города. Поскольку ценности конторы хранились в Ревеле, Дерпт переправил просьбу купцов туда. Тот в свою очередь обратился за мнением к Риге, которая предложила скру переписать и копию вместе с печатью переправить в Новгород, а оригинал скры хранить в Ревеле до тех пор, пока не изменятся обстоятельства, т.е. пока не будут урегулированы торговые отношения.
Поскольку главной причиной «розмирья» были жалобы новгородцев на недоброкачественность товаров, и особенно недостаточный вес соли, Рига обратилась за решением проблемы в Любек — высшую инстанцию по всем спорным вопросам. Глава Ганзы ответил, что Рига лучше знает традиции новгородско-ганзейской торговли и поэтому ей вместе с другими ливонскими городами поручается выработать меры против недостаточного веса в торговле солью. Эта переписка подчеркивает ведущую роль ливонских городов в торговле с Новгородом в рассматриваемое время, что было признано самим Любеком. Кроме того, она демонстрирует «цепочку» городов, участвовавших обычно в решении важных торговых дел: Дерпт-Ревель-Рига-Любек.
После заключения торгового соглашения в августе 1409 г. деятельность конторы была нормализована, и в декабре того же года купцы просили Ревель вернуть принадлежавшие св. Петру ценности, потому что купцов во дворе «благодаря Богу» было много, и поэтому отсутствие необходимых предметов остро ощущалось в конторе. Примечательно, что купцы заранее предполагали утрату некоторых предметов и просили Ревель приобрести их для двора, как это он всегда делал раньше. Уже в первой половине января 1410 г. Ревель переправил в Новгород бочку с ценностями, сопроводив ее письмом с описанием содержимого.
Между тем в Новгороде продолжало расти недовольство условиями торговли, которые не были ликвидированы заключенным в августе 1409 г. соглашением. Поэтому новгородцы не только ужесточили правила торговли, но в начале 1410 г. в течение 4-х недель вообще не вели торговлю, в результате чего в немецких дворах скопилось большое количество товаров и церковь св. Петра была забита ими до отказа. Новгородцы надеялись, что приезд летних гостей заставит ганзейцев пойти на уступки и принять их требования. В связи с этим немецкое купечество затеяло деятельную переписку с магистратами ливонских городов о положении в Новгороде. В одном из писем они сообщали: «…новгородцы хвалятся, что немецкое купечество у них в мешке, который они завязали лыком, и считают, что вскоре его здесь завяжут ремнем». Купцы, находившиеся в Новгороде, просили задержать приезд в Новгород летних гостей, и города ответили им согласием.
Новгород пытался воздействовать на Ганзу разными способами, предъявляя претензии как в отношении торговых дел, так и в устройстве ганзейской конторы. Дело в том, что приказчик двора не имел права вести торговлю, но для возмещения расходов ему было разрешено держать во дворе корчму, доходы от торговли которой шли в его пользу. В описываемый период новгородцы требовали ликвидировать корчму, способствовавшую, по их мнению, возникновению беспорядков, так как ее охотно посещали и русские. Бывший в то время приказчиком двора Генрих фон Бэме отказался исполнять дальше свои обязанности, поскольку не хотел лишиться верной статьи дохода, в связи с чем немецкие купцы просили Дерпт позаботиться о новом приказчике.
В это же время из соляного амбара на Готском дворе новгородцами было украдено 8,5 бочек пчелиного меда, кроме того, они попытались ограбить церковь на Немецком дворе, для чего устроили помост к частоколу двора. После неудавшейся попытки ограбления вооруженные новгородцы дважды вламывались во двор, угрожая убить немецких купцов, а их товары забрать себе. Купцы подробно описали происшедшие события, жаловались на новгородские власти, которые ничего не делали для их охраны и защиты, и просили позаботиться о купечестве, так как из-за такого отношения новгородцев ни один купец не решится ехать в Новгород. В этом же письме они предлагали закрыть корчму.
Предложение купцов о закрытии корчмы обсуждалось всеми ливонскими городами, поскольку вопрос заключался в необходимости возместить труд приказчика. Дерпт, больше других заинтересованный в его регулярной оплате, потому что именно он назначал людей на эту должность, предлагал повременить с отменой корчмы до следующего съезда. Судя по позднейшим документам, приказчику удалось сохранить за собой право держать корчму.
