Частые пожары в конце XIV — начале XV вв. разрушали и каменную церковь св. Петра, стоявшую на Немецком дворе. В 1402 г. немецкие купцы писали в Ревель, что «купеческая церковь стоит без крыши и особенно стены очень ветхие и мы боимся, что рухнет свод». Аварийное состояние церкви было явным следствием пожаров 1385 и 1399 гг. Купцы настойчиво просили Ревель обратить на это серьезное внимание и вовремя все исправить. Тогда же они просили Дерпт прислать каменщика, который осмотрел бы церковь с целью определения предстоящих расходов кирпича и извести, необходимых для ремонта. Кроме того, они настоятельно просили оказать содействие плотнику в присылке ему помощников, так как он жаловался, что без содействия городов никого не мог привезти в Новгород. Объем плотницких работ по восстановлению дворов был большим, и для их выполнения требовался, конечно, не один человек. Что касалось налога, который двор должен был отправлять в города, то в этом вопросе купцы были решительны и неуступчивы. Они уведомляли, что, пока не отремонтирована церковь, налога они не пошлют и только после окончания ремонта оставшуюся сумму вышлют в города. Дело в том, объясняли купцы, что иначе им для восстановления дворов придется брать деньги в долг, а это обойдется слишком дорого, потому что нужно будет с 10 рублей давать 1 рубль в качестве процента, в то время как в городах можно получить деньги под проценты — с 16 марок 1 марку. В апреле 1403 г. после очередного пожара купцы писали в Дерпт, что церковная крыша требует ремонта, в свою очередь Дерпт переслал просьбу купцов в Ревель.
Первое десятилетие XV в. было трудным для ганзейской торговли в Новгороде. Заметно сократилось количество купцов, приезжавших в Новгород, опустела казна св. Петра, вследствие чего купцы не могли даже приобрести необходимые для двора предметы и вынуждены были пользоваться услугами отдельных купцов. Например, некий Иоганн Вреде приобрел для нужд двора колокол, подсвечники и весы для взвешивания серебра общей стоимостью 5,5 рижских марок. Контора долгое время не могла с ним расплатиться и просила в 1403 г. Ревель заплатить купцу долг двора, потому что он часто напоминал об этом, а казна св. Петра обеднела настолько, что нечем было расплатиться.
Аналогичная просьба была выражена купцами в октябре 1406 г. в отношении оплаты дворового священника, поскольку в казне св. Петра не было денег. Священник хорошо исполнял свои обязанности, сообщали купцы в Ревель, поэтому нужно удовлетворить его требования, чтобы у него не было жалоб на купцов. Интересно, что это письмо было запечатано не печатью двора, а личной печатью купца Германа Везенбурга, так как печать двора св. Петра в конторе в это время отсутствовала.
В это же время начались и новые конфликты между Новгородом и Ганзой. Только одно десятилетие после заключения Нибурова мира сохранялись стабильные отношения между партнерами. Уже в декабре 1403 г. новгородцы запретили выезд из Новгорода немецким купцам в связи с жалобой новгородца Ивана Кочерина. Интересно, что виновником конфликта стал уже известный нам Иоганн Вреде, оказавший некогда услуги двору. Особенно осложнились торговые отношения в 1406 г., когда началась война Литвы и Ордена против Пскова. Хотя новгородцы обещали ганзейцам сохранять гарантии «чистого пути» в своих владениях, весной 1406 г. немецкие купцы были задержаны в Новгороде. Ввиду появившейся опасности и возможного отъезда из Новгорода купцы переслали в августе 1406 г. в Ревель бочку с драгоценностями конторы, подробно перечислив ее содержимое, с просьбой сохранить все до того времени, когда эти предметы опять им понадобятся. Наряду с церковной утварью были отправлены все книги церкви св. Петра, расчетные книги купцов, архив, состоявший из писем городов, а также обе печати двора св. Петра.
Опасения немецких купцов оказались не напрасными. Действительно, в декабре 1406 г. на новгородском вече было объявлено об их задержании в Новгороде в ответ на ограбление русских в Нарве. Летом следующего 1407 г. новгородцы объявили на Торгу о запрете торговли с немецкими купцами в связи с тем, что последние привозят в Новгород укороченные поставы сукон и неполновесные мешки с солью.
Неустойчивое положение немецких купцов в Новгороде сохранялось в течение нескольких лет, и только в 1409 г. туда прибыли ревельские послы для заключения мира. Однако условия, предложенные новгородскими властями, показались им совершенно неприемлемыми и переговоры обострились настолько, что немецкие купцы собрались закрыть церковь и покинуть двор, а скоропортящийся товар переправить в Дерпт. Однако вскоре отношения были урегулированы, и прибывшие послы заключили в августе 1409 г. договорную грамоту о взаимном возврате захваченных товаров.
