Тем временем отношения между ганзейскими и новгородскими купцами вновь стали ухудшаться. В 1415 г. новгородцы начали выражать недовольство «короткими» сукнами, которыми торговали ганзейцы. Известно, что ткани в Новгород привозились и продавались здесь поставами («штуками»), которые должны были иметь определенную длину и удостоверяться пломбами, подтверждающими их качество и место изготовления. В самом начале 1416 г. на новгородском вече было принято общее решение о запрете ганзейской торговли за исключением торговли продуктами и напитками. Кроме того, были приняты частные решения о запрете розничной торговли, о разгрузке товаров собственными силами, об оплате новгородских лодочников. Новгородское решение вызвало ответную реакцию со стороны ливонских городов, наложивших запрет на поездки купцов в Новгород, а также под угрозой лишения товара запрет на торговлю с новгородцами в Пскове. Конфликт 1416 г. сначала не был поддержан общеганзейским съездом городов, недовольных усиливающейся ролью ливонских городов в торговле с Новгородом. Однако весной 1417 г. на очередном ганзейском съезде объявленная ливонцами торговая блокада Новгорода была поддержана. В свою очередь, Новгород запретил поездки новгородцев в Полоцк и Псков, где можно было встретиться с немецкими купцами.
В этом конфликте обращает на себя внимание то обстоятельство, что ливонские города самостоятельно, без уведомления Любека, объявили торговую блокаду, что лишний раз подчеркивает их вес в этот период в новгородско-ганзейской торговле. Урегулированием конфликта также занимались исключительно ливонские города, которым в августе 1417 г. была отправлена грамота новгородского архиепископа Семена с предложением мирных переговоров. Вскоре в Новгород прибыли ревельские послы, заключившие очередной договор с Новгородом, который был отмечен даже новгородским летописцем, сообщавшим под 1417 г.: «А в то время взяша новгородци миръ с Немци». Таким образом, торговые отношения между Новгородом и Ганзой были восстановлены, и жизнь двора св. Петра оживилась.
В октябре 1416 г. дворовый приказчик Ганс фон дер Липпе был обеспокоен устройством новых частоколов вокруг дворов, для чего просил необходимые средства. Восстановление частоколов потребовало больших усилий со стороны приказчика, вынужденного неоднократно обращаться к новгородским властям за разрешением. Ганс Липпе сообщал в своем письме в Ревель, что должен был дать каждому из «главных» новгородцев 5 больших шиллингов и каждый день ставить кружку пива.
Новые заботы наступили для немецкого купечества после пожара 1419 г., во время которого выгорел весь Славенский конец Новгорода и оба немецких двора сгорели, хотя церковь осталась нетронутой. Как писали немецкие купцы в Дерпт, «…наши оба двора сгорели и ни одного столба не осталось. Церковь, слава Богу, в хорошем состоянии, как в верхней, так и в нижней части. Немецкий двор еще продолжает гореть, на Готском дворе из-за пожара имеются большие убытки в соли». В связи с непрочным положением купцов в Новгороде последние интересовались, должны ли они заняться восстановлением дворов. Дерпт, получивший это известие, написал соответствующие письма в Ревель, Ригу и Любек, поскольку речь шла о финансировании конторы. Было решено непременно поставить новые хорошие частоколы, но с наименьшими затратами. Купцы договорились о восстановлении частоколов за 25 руб. на Немецком дворе и за 30 руб. на Готском, но просили прислать для этого деньги. Кроме того, они напоминали, что нуждаются и в жилых помещениях. В том же донесении содержалась жалоба на новгородского посадника и тысяцкого, препятствовавших восстановлению частоколов и требовавших от немецких купцов даров. Дело в том, что, пользуясь отсутствием частоколов, новгородцы постоянно занимали территории ганзейских дворов своими постройками. Поэтому купцы просили руководителей конторы направить письмо Великому Новгороду, чтобы он поступал хорошо, «по старому обычаю» и крестному целованию и разрешил оставить частоколы.
Ответ городов не сохранился, но несомненно, что дворы были вновь восстановлены и окружены частоколами. Об этом можно судить по полученному купцами в мае 1420 г. распоряжению городов. В нем было сказано, что в связи с обострившейся обстановкой приказчик двора в случае необходимости и плохого отношения со стороны новгородцев закрыл бы церковь и действовал по скре, т. е. передал ключи архиепископу Новгорода и игумену Юрьева монастыря, поставил бы русских приставов для охраны и покинул бы Новгород вместе со священником. Следовательно, к весне 1420 г. дворы уже действовали.
