Достоверно неизвестно, состоялось ли это событие – одни говорили, что анафематствование было, другие уверяли, что если патриарх и произнес отлучение, то «устами, а не сердцем». В любом случае, в 512 г. Флавиан оставил кафедру и был сослан, а на его место 6 ноября 512 г. назначен Севир (512—518). Население Сирии разделилось: епископы Тира и Берита в Финикии, Дамаска и Бостра в Аравии, а также монахи из провинции Сирия II горой стояли за Халкидон. Но монахи из провинции Сирии I целиком и полностью поддерживали Филоксена и Севира. И во время проведения этого Собора состоялись кровавые схватки с человеческими жертвами. В конце концов приказом царя Собор был закрыт в 512 г. и никакого решения официально принято не было. Но все же Севир завершил дело до конца: в следующем, 513 г. им был созван новый Собор, который анафематствовал Халкидон и одобрил «Энотикон». Соборное решение Севир довел до сведения Александрийского и Константинопольского патриархов, которые его поддержали.
Страсти бушевали и в Иерусалиме. После низложения Македония император потребовал, чтобы патриарх Иерусалима Илия (494—516) также вступил в общение с патриархом Константинополя Тимофеем. Тот принял его исповедание веры, но не признал каноничным низложение Македония. Илия направил в столицу посольство из 200 клириков, среди которых был повсеместно известный палестинский монах св. Савва, пользовавшийся громадным авторитетом в Палестине. Анастасий любезно принял св. Савву и, внимая его просьбе, разрешил святому остаться на всю зиму в Константинополе, а перед его отъездом в мае 512 г. передал ему в дар тысячу золотых монет на нужды монастыря. Очень последовательно и решительно св. Савва поддержал православных и самого Илию в его стоянии против монофизитов, на удивление не претерпев за это никаких неприятностей от власти.
Укрепленный его святыми молитвами и советами, Илия не принял синодальной грамоты от Севира, которую тот, став Антиохийским патриархом, по обыкновению, разослал главным архиереям Империи. Тогда Севир вторично направил патриарху Иерусалима свое послание, подкрепив его солдатами, но явившийся в Иерусалиме св. Савва с множеством монахов выгнал его послов из города и на лобном месте произнес анафему на Севира.
Получив об этом известие, император в 516 г. отдал приказание дуксу Палестины Олимпию низложить Илию и поставить на патриарший престол пресвитера Иоанна, который обещал вступить в общение с Севиром. Но когда к нему пришел св. Савва, Иоанн отозвал свое слово. В очередной раз император приказал сместить непокорного патриарха, и новый дукс Палестины Анастасий лично отправился в Иерусалим, чтобы убедиться в исполнении воли царя.
Но выяснилось, что Иоанн был сторонником Халкидона. И хотя по совету своего друга он пообещал выполнить все, что приказал царь, но в ближайшее воскресенье после Литургии объявил анафему всем, кто не признает Халкидона и вообще все четыре Вселенских Собора, как четыре Евангелия, а также проклял Нестория, Евтихия и Севира. Восторг народа и пришедших из пустыни монахов был такой, что правитель Палестины не посмел применить силу. Узнав о случившемся, император решил ввести для усмирения беспорядков войска, но вскоре к нему прибыло послание св. Саввы. В нем содержалась просьба дать мир Палестинской церкви и разрешение для обличения Севира. Конечно, царь был недоволен, и его ответ гласил, что «некоторые монахи и клирики, присвоив себе Православие, возбудили эти соблазны, силой вынуждая признать свое первенство в знании тайны и проповедования веры». Но в конце концов царь удовлетворил просьбу святого подвижника и оставил инцидент в Иерусалиме без последствий[1229].
Немалую проблему создавал Халкидон и в отношениях с Армянской церковью, активно не принявшей его орос. Конечно, армяне были крайне обижены тем, что ни на II, ни на III, ни на IV Вселенские Соборы их не приглашали, чему были свои причины. Во-первых, императоры рассылали приглашения лишь тем Церквам, которые находились в границах Римской империи, а армяне уже являлись подданными Персидского царя. А, во-вторых, они административно подчинялись Кесарии Каппадокийской, а потому их представительства на Соборе просто не требовалось при живом архиерее этой провинции, который уже был приглашен на Вселенское собрание. Тем не менее их делегация прибыла в Халкидон, дабы поставить вопрос об осуждении не только Нестория, но и его учителей – Иву Эдесского и Феодора Мопсуэтийского.