Вступление Софьи в Москву не обошлось без инцидента, ибо в числе сопровождавших её находился папский легат Антоний. Он, как и было задумано, собирался войти в столицу с преднесением латинского креста (крыжа). Однако там ещё не забыли о подобной выходке униата Исидора. Митрополит Филипп (сменивший Св. Иону, преставившегося в 1461 г.) объявил, что если папский посланец с крыжём войдёт в одни ворота Москвы, то он (митрополит) выедет в другие. Царь Иван (с тех пор его называли и так) выслал вперёд боярина, который отобрал у Антония латинский крест и спрятал его в санях. Кардинал возмущался, но поделать ничего не мог. На приёме у великого князя он вступил в спор о вере, однако был посрамлён русским книжником Никитой Поповичем. Новая авантюра с унией полностью провалилась, и Софья Палеолог не оправдала надежд, возложенных на неё Ватиканом.
В Москве царскую невесту встретили весьма настороженно. Гречанка, да ещё воспитанная в Риме, не могла не вызывать подозрений. Тем паче, что с её прибытием число иностранцев при дворе увеличилось. Да и в дальнейшем влияние Софьи на своего супруга не очень нравилось московскому боярству. В столице развернулось строительство каменных зданий. Кремлёвские храмы возводили иноземные зодчие (в первую очередь, Аристотель Фиораванти). Не прощали великой княгине и то, что по важным делам государства Иоанн III стал реже советоваться с боярской думой, а более проявлял царское самовластие. Однако, как бы там ни было потом, в духовном отступничестве Софью Палеолог подозревали напрасно. Её вероисповедание оказалось вполне православным.
С первых шагов по Русской Земле византийская царевна стала пугающе удивлять сопровождавших её католиков. Уже в Пскове она решительно приняла благословение от русского духовенства и пошла прикладываться к православным иконам. А приехав в Москву, окончательно заявила себя Христианкой восточного обряда. Отношений с Римом Софья не возобновляла. Только дважды (в 1480 и в 1490 годах) она пригласила к Московскому двору своего брата Андрея (безземельного императора) и помогла ему деньгами. После смерти его (1502 г.) наследственные права на Византийский престол перешли к Софье и, соответственно, к её потомкам от Иоанна III, а трон с двуглавым орлом (гербом империи) был доставлен в Россию, как приданое Палеологов.
С того времени Москва является правопреемницей Второго Рима во всей полноте закона, и очень скоро достоянием гласности становится идея о духовном переносе Державы Православия в Третий Рим. Уже при сыне Иоанна III, великом князе Василии Иоанновиче (отце Иоанна Грозного), эту идею (около 1515 г.) озвучил псковский инок старец Филофей. В своих письмах Василию III Филофей прямо проводит мысль о том, что хотя прежние Христианские царства погибли, но Вселенская Церковь вечна, и нынешнее ромейское царство есть Россия. Два Рима пали, третий (Москва) стоит, во всей вселенной блистает, как солнце, а четвёртому Риму не бывать. По мнению Филофея, падение Константинополя прямо связано с тем, что греки изменили Православной вере и перешли в латинство посредством унии. Но при этом есть большая разница между их отпадением, вынужденным постоянной агрессией мусульман, и добровольной изменой вере самих латинян. И даже порабощение Царьграда турками отличается от его разгрома крестоносцами. Старец Филофей подчёркивает, что турки, завладев греческим царством, не повредили веры, не принимают насильственных мер к обращению греков в ислам и не уничтожили Вселенской Церкви. Стало быть, мишет он великому князю, даже нельзя и говорить о падении Православного царства. Оно лишь переместилось туда, где лучше сохраняются апостольские предания, соблюдается церковный чин, и блюстителем благочестия выступает свободный Православный Царь. Этим титулом псковский старец нарёк великого князя Московского, обращаясь к нему: «Православному Христианскому царю и владыке всех, браздодержателю святых Больших престолов Святой Вселенской и Апостольской Церкви, воссиявшей на место Римской и Константинопольской, державному царю... Третьего Рима». И эти слова Филофея оказались пророческими.
