Ещё в 1338 году на Афоне Варлаам настаивал на «недоказуемости» истины с позиций богословия и, как всегда, ссылался на логику Аристотеля. Древний мудрец считал, что Богу не присуще никакое действие, ибо действие связано с движением, а движение свойственно твари. Творец же не тождественен Своему созданию. Логика, в принципе, верная; только по этой логике Бог и Создателем быть не может, раз Он никак «не действует». Аристотель, кстати, так и считал. В его понятии Бог и мир были просто разными объектами универсума - Духом и материей, а не Творцом и тварью. Для Онтологии (учения о Сущем) это неприемлемо. Палама показал, что Аристотелевы силлогизмы не могут служить критерием убедительности богословских аргументов. Опираясь на патристику (учение Св. Отцов), в развитие темы обожения (теозиса), или причастности человека Божеству, он ввёл понятие различения в Боге «сущности» и «энергий», утверждая, что «благодать... отнюдь не действие или результат, который Бог производит в душе человека; она - Сам Бог, Себя сообщающий и входящий в неизреченное соединение с человеком». Это также вошло в «Святогорский том». В другом месте Святой Григорий Палама говорит: «тот, кто причастен Божественной энергии... сам как бы становится светом... и видит совершенно сознательно всё то, что остаётся скрытым от лишённых этого благодатного опыта... ибо чистые сердцем видят Бога».
За эти слова варлаамиты возвели на Св. Григория обвинение в ереси мессалиан и богумилов. Адепты этих сект заявляли, что в молитвенном исступлении можно созерцать сущность Святой Троицы. Обвинение было заведомо ложным, ибо именно к Паламе оно никак не относилось. Вслед за Василием Великим, Максимом Исповедником, Иоанном Дамаскиным Св. Григорий утверждал, что «Бог в сущности Своей абсолютно непознаваем», однако «во Христе человек участвует в Божественной жизни». Бог в сущности непостижим, но в исхождении Святого Духа, в воплощении Сына Божия Он действует. Своею благодатию, нетварной энергией (Фаворским светом) Творец обоживает разумную тварь, стремящуюся к обожению. Это положение признавалось всеми Святыми Отцами, начиная с самих Апостолов, и далее - от Иринея Лионского до Симеона Нового Богослова. И тем не менее, оно не входило ни в один церковный догмат. За что и ухватились возрожденцы.
Они старались доказать любой ценой, что Бог, непознаваемый в сущности, «не действует», не сообщается с тварным миром. Из этого схоластического заблуждения, принятого на Западе, впоследствии выросло протестантское отрицание святости Церковных Таинств, прежде всего Крещения и Причастия. Затем пошло отрицание всего святого, и началось безумие атеизма. Вот куда, собственно, метили еритики варлаамиты. Но, слава Богу, ни в Византии, ни на Руси их ложь не прижилась.
В пылу полемики Варлаам разошёлся до того, что прямо назвал Фаворский свет природным атмосферным явлением, к Богу отношения не имеющим. Кощунство это настолько потрясло всех, что отрезвило и часть людей, ранее сочувствовавших Варлааму. Собор, которого он требовал, был немедленно созван по приказу императора и состоялся в Константинополе в 1341 году.
«Святогорский том» к тому времени прочли многие. Большинство верующих соглашались с исихастами. Еретики же, зная свои слабые места, сделали ставку на клевету. Это известный закон психологии. Неправый в споре неизбежно переходит на личность оппонента. Вместо веских аргументов он посылает упрёки сопернику, оскорбляет его и даже пускается в драку. Какой только ложью не осыпали Паламу. Однако он с честью выдержал все нападки и отмёл обвинения. Тем, кто слишком увлёкся древней философией («внешней мудростью»), Св. Григорий напомнил о единственно возможном для Христианина значении слова эллин - язычник, а самого Варлаама прямо уличил в латинстве. Опровергнуть Богоносца никто не смог. Даже патриарх Иоанн Апрен, скрепя сердце, признал правоту Паламы по всем пунктам полемики. Доводы исихастов были убедительны. Тем не менее, еретиков собор не осудил. Власти Константинополя пошли на компромисс. Обеим сторонам запретили проповедь и агитацию в свою пользу, отчего напряжённость в обществе многократно возросла.
Вскоре после собора скончался император Андроник III. Варлаам уехал в Италию, где перешёл в католичество и, по ходатайству поэта-возрожденца Петрарки, получил от папы епископство. Еретика Акиндина патриарх рукоположил в диаконы.
Наследник престола Иоанн V Палеолог был ещё ребёнком. Между его матерью Анной Савойской (вдовой Андроника) и великим доместиком Иоанном Кантакузином возник политический конфликт. Придворную партию противников Кантакузина возглавил временщик Апокавк. Патриарх с Акиндином и все варлаамиты примкнули к правительству Анны. Началась гражданская война.