В 1940 году Григоренко призывают в армию и уже в ноябре направляют в органы военной контрразведки. Он становится помощником оперуполномоченного Особого отдела 151-й стрелковой дивизии. В марте 1941 года его переводят в Особый отдел 4-й воздушно-десантной бригады, дислоцировавшейся в Конотопе. В ее составе он встретил войну и 18 августа 1941 года был тяжело ранен. После госпиталя его направляют в Особый отдел 14-й саперной бригады на Сталинградский фронт. В августе 1942 года он выезжал в УНКВД по Сталинградской области для оказания помощи в работе по созданию агентурно-оперативных позиций с целью использования их в тылу немецких войск. В том же году Григоренко посылают на трехмесячные курсы при Высшей школе НКВД СССР по подготовке руководящего состава для работы на освобождаемой от немецких оккупантов территории, после окончания которых направляют в центральный аппарат контрразведки в 1-й (немецкий) отдел 2-го Управления НКВД СССР, где в это время работает и Алексей Горбатенко.
В 1943 году хорошо зарекомендовавший себя молодой контрразведчик Григоренко попадает на передний край интеллектуальной борьбы – он становится одним из четырех оперативных работников, в задачу которых входит организация работы по использованию захваченных вражеских агентов в радиоиграх с немецкими разведорганами. На базе этой группы в 3-м отделе ГУКР «Смерш» было создано 2-е отделение, которое отвечало за радиоигры с противником. Руководил отделением талантливый контрразведчик Дмитрий Петрович Тарасов – тот самый, в отделе у которого в конце 40-х годов заместителем будет майор Горбатенко. Всего за годы войны контрразведкой «Смерш» совместно с территориальными органами госбезопасности при прямом участии Григоренко и других сотрудников отделения была проведена 181 радиоигра с целью дезинформации немецкого командования, проникновения в агентурные сети немецких спецслужб, выявления и ликвидации их агентуры и получения информации о планах немецкого военного командования.
Одним из примеров таких радиоигр является операция «Туман» по предотвращению убийства Сталина, готовившегося немецким разведывательно-диверсионным органом «Цеппелин» (нем. Unternehmen Zeppelin). Этот орган был создан в марте 1942 года в структуре внешней разведки службы безопасности СД (VI отдел РСХА) для целенаправленного разрушения советской инфраструктуры. Ответственным за его создание был шеф особого отдела VI C/Z, выходец из гестапо (IV отдел РСХА), автор плана по политическому разложению Советского Союза оберштурмбаннфюрер СС Хайнц Грэфе (нем. Heinz Gräfe). В отличие от военной разведки абвер на «Цеппелин» возлагались задачи политической разведки, диверсионно-террористический деятельности и создания сепаратистских национально-повстанческих движений в советском тылу. Для этого на советско-германском фронте при группах армий были сформированы четыре зондеркоманды. В их функции входили:
• работа с военнопленными – опрос на предмет сбора разведданных о внутриполитическом положении в СССР и отбор кандидатов в агенты;
• сбор обмундирования, документов и других материалов для подготовки агентуры;
• отправка отобранных среди военнопленных кандидатов в особые учебные лагеря «Цеппелина», где они находились на одинаковом положении с солдатами вермахта, имели хорошее питание и условия жизни, для них даже организовывались поездки по Германии;
• переброска агентов через линию фронта.
В июле 1942 года Хайнц Грэфе передал руководство особым отделом VI C/Z штурмбаннфюреру СС доктору Рудольфу Эбсгер-Рёдеру (нем. Rudolf Oebsger-Röder). Кстати, последний продолжил свою деятельность и после войны – сначала в организации Гелена, а затем в западногерманской разведке БНД.
Весной 1943 года с целью концентрации сил вместо зондеркоманд были сформированы две «главные команды» (нем. Hauptkommando).
1. «Русланд Митте» (Центр), позднее переименованная в «Русланд Норд» (Север), начальник – штурмбаннфюрер СС Отто Краус.
2. «Руссланд Зюд» (Юг), она же «Штаб доктора Рёдера», начальник – штурмбаннфюрер СС Хайнц Феннер.
Начальник главной команды подчинялся непосредственно главному штабу «Цеппелина» в Берлине и имел полную самостоятельность в оперативной деятельности.
В своих мемуарах шеф внешней разведки СД бригадефюрер СС Вальтер Шелленберг указывает, что летом 1944 года его вызвал к себе министр иностранных дел Иоахим фон Риббентроп и заявил о необходимости ликвидации Сталина. Затем состоялся разговор с рейхсфюрером СС Генрихом Гиммлером, который возложил выполнение операции на органы «Цеппелина».
