15 марта 1946 года согласно Закону СССР «О преобразовании Совета Народных Комиссаров СССР в Совет Министров СССР и Советов Народных Комиссаров союзных и автономных республик – в Советы Министров союзных и автономных республик» все народные комиссариаты были переименованы в министерства. Соответственно Народный комиссариат государственной безопасности СССР стал Министерством государственной безопасности СССР. 4 мая 1946 года министром государственной безопасности был назначен начальник ГУКР «Смерш» генерал-полковник Виктор Семёнович Абакумов. В тот же день 2-е Управление было преобразовано во 2-е Главное управление МГБ СССР.
В соответствии с новой структурой Главка, объявленной приказом № 00206 от 27/28 мая 1946 года, капитан Горбатенко с 15 июня 1946 года был назначен начальником 3-го, а с 17 сентября 1947 года – начальником 4-го отделения Отдела «2-Б» (контрразведывательные операции против США) 2-го Главного управления МГБ СССР.
Таким образом, вся биография Алексея Михайловича Горбатенко связана исключительно со Вторым Главком, начальником которого с 9 сентября 1946 года был 31-летний генерал-майор Евгений Петрович Питовранов.
28 декабря 1948 года майор Горбатенко становится заместителем начальника Отдела «2–3» (использование в оперативных целях учреждений, связанных с иностранцами). Здесь его начальником является Дмитрий Петрович Тарасов – мастер оперативных радиоигр, о котором речь еще впереди.
20 января 1950 года Горбатенко назначают заместителем начальника Отдела «2-Б», который 25 декабря 1951 года переименовывается в 1-й (американский) отдел Второго Главка. Еще одним заместителем начальника отдела становится хороший знакомый Горбатенко по Ленинградской межкраевой школе НКВД, будущий резидент в Нью-Йорке и заместитель начальника ПГУ, фактически оперативный директор внешней разведки генерал-лейтенант Борис Семёнович Иванов. Помощником начальника отдела был подполковник Михаил Георгиевич Матвеев, сыгравший важнейшую роль в разоблачении американской агентуры в 50—60-х годах – портрет его висит во главе соответствующего стенда в музее ФСБ. Вот это была «тройка нападения», которая переиграла американцев и на своем, и на их поле.
21 сентября 1953 года подполковник Алексей Михайлович Горбатенко становится начальником американского отдела, причем с 18 марта 1954 года уже в составе КГБ при СМ СССР. В этой должности ему еще раз довелось поработать под началом Петра Васильевича Федотова, а с 1956 года – под началом Олега Михайловича Грибанова. В 1957 году Горбатенко направляют в Венгрию, где он действует под прикрытием 1-го секретаря посольства СССР в Венгрии. С 18 января 1958 года полковник Горбатенко руководит 3-м (немецким) отделом, а 17 ноября того же года становится заместителем начальника Второго Главка, т. е. заместителем Олега Михайловича Грибанова.
С 1960 по 1963 год Горбатенко работал начальником 15-го отдела – борьба с изменой Родине на канале выезда советских граждан за рубеж, а затем до 1967 года возглавлял инспекцию (Службу № 2) Второго Главка.
12 августа 1967 года, уже с приходом Андропова, Горбатенко снова становится заместителем начальника Второго Главка, теперь уже в звании генерал-майора, а 19 июня 1968 года – старшим консультантом Группы консультантов при председателе КГБ Андропове. В этой должности он остается до ухода Андропова в ЦК КПСС в 1982 году. В том же году Николай Владимирович Губернаторов, зная об уходе Андропова, просит его освободить себя от занимаемой должности заместителя начальника Управления делами КГБ СССР. В следующем, 1983 году покидает свой пост и главный контрразведчик страны Григорий Фёдорович Григоренко, а вслед за ним, в 1985 году, его первый заместитель генерал-лейтенант Виталий Константинович Бояров. Как легко заметить, по мере приближения «перестройки» кадры ведущих контрразведчиков страны заметно редели.
Григорий Фёдорович Григоренко, наряду с Петром Васильевичем Федотовым и Олегом Михайловичем Грибановым, по праву может считаться создателем национальной контрразведывательной службы страны. Он родился 18 августа 1918 года в городе Зенькове Полтавской области Украины. Когда ему исполнилось 8 лет, умер отец. На руках матери осталось трое малышей. Жизнь заставила Григория рано включиться в трудовую деятельность: пасти скот, работать на деревообрабатывающем комбинате, ремонтировать обувь. Однако ему удалось окончить семилетку и поступить на рабфак, а затем – на физико-математический факультет Полтавского пединститута, после окончания которого он в 1939–1940 годах работал учителем в сёлах Фёдоровка и Степановка Полтавской области.
