Цэван-Рабтан оказался не способен восстановить контроль над кукунорскими монголами, поскольку восстание не было скоординировано, а джунгары были заняты войной с казахами на западе. В этой кампании джунгары доказали, что они все еще представляют значительную силу во Внутренней Азии. Они успешно атаковали города Ташкент и Туркестан и раскололи казахов на три группы. Власть джунгаров распространилась на Западный Туркестан и степные территории вплоть до озера Баркуль. Некоторые предводители казахов из Большой и Средней Орды, так же как и многие киргизы, признали власть джунгаров. Цинский двор был настолько занят внутренними проблемами, что предложил джунгарам перемирие, которое было подписано в 1724 г. Этим шагом китайцы непреднамеренно сорвали заключение русско-джунгарского союза. После победы над казахами и заключения перемирия с Китаем джунгары уже не столь пристально интересовались переговорами с русскими. Интерес к ним со стороны России также пропал после смерти Петра Великого в 1725 г.
Цэван-Рабтан умер в 1727 г., преемником стал его сын — Галдан-Цэрэн. Цинское правительство восприняло эту смерть как шанс вернуться к политике противостояния с джунгарами, поскольку его внутренние проблемы с передачей власти к тому времени уже были решены. Перед тем как начать войну с джунгарами, Юн-чжэну было необходимо нейтрализовать русских, имевших много претензий к Нерчинскому договору. (Именно упадок караванной торговли и сложности во взаимоотношениях с Китаем заставили Петра Великого думать о разрыве отношений с маньчжурами и союзе с джунгарами.) Подписанием широкомасштабного Кяхтинского договора в 1728 г. Цин разрешила многолетние споры с Россией и создала основу для русско-китайских отношений на последующие 100 лет. Эти договоры определили линию монгольской границы, обеспечили установление дипломатических отношений между двумя империями и способствовали развитию регулярной торговли. Как и при заключении Нерчинского договора, к новому соглашению маньчжуров подтолкнуло желание изолировать джунгаров[357].
Несмотря на существовавшую при дворе оппозицию, которая не одобряла дорогостоящие военные действия на границе, для борьбы с джунгарами были снаряжены две армии. Северная базировалась в горах Алтая, южная — в Хами. Набеги и взаимные дипломатические выпады начались в 1730 г. В следующем году джунгары, устроив небольшую провокационную атаку, выманили северную армию из ее форпоста в Кобдо. Попавшись на крючок одного из древнейших тактических приемов степных кочевников — ложного отступления, командующий цинской армией неожиданно оказался перед лицом огромной джунгарской военной машины. Кочевники уничтожили северную армию, которая потеряла 4/5 своего личного состава. Маньчжуры покинули Кобдо, а на юге в связи с угрозой джунгарского наступления был оставлен Турфан[358].
Это поражение пробило брешь в северной линии обороны маньчжуров и позволило джунгарам напрямую атаковать Монголию. Они пересекли Алтайские горы, ограбили халха-монголов и уничтожили крепости Цин. В связи с тем что халха-монголы уже длительное время были вынуждены отдавать рекрутов для охраны границы, содержать войска, дислоцированные в Монголии, и поставлять цинской армии лошадей, их лояльность по отношению к династии была довольно сомнительной. Только организованное сопротивление Сайн-Ноян-хана (Цэрэна) не позволило джунгарам полностью опустошить Северную Монголию. Джунгары снова вторглись в Монголию в 1732 г., однако в ожесточенной битве при Эрдэни-цзу Цэрэн остановил их натиск. Джунгары, однако, отступили без значительных потерь, поскольку остальные цинские военачальники не сделали ничего, чтобы оказать им сопротивление. Тем не менее маньчжуры отвоевали Улясутай, и война вступила в стагнационную фазу, во время которой стороны обменивались предложениями о мире. Военные расходы и растущая непопулярность войны среди северных монголов, которые несли на себе ее основную тяжесть, вынуждали Цин искать какое-то новое решение. Однако мирное соглашение было подписано лишь в 1739 г., в начале правления императора Цянь-луна. Согласно ему, границей между джунгарами и халха-монголами становились горы Алтая и озеро Убса-Нур. Этот договор обеспечил двадцатилетний период мира на границе.
В 1745 г. Галдан-Цэрэн умер. Хотя его заграничные походы и окончились неудачей, джунгарское государство продолжало оставаться жизнеспособным, могущественным, процветающим и готовым отразить агрессию как России, так и Китая. Наибольшую угрозу для джунгаров, однако, представляли внутренние распри, которые подрывали их могущество.