Преемником Галдан-Цэрэна стал его второй сын — Цэван-Доржи-Намгьял. Он оказался дурным и неумелым правителем, быстро восстановившим против себя джунгарскую знать. Он был смещен в 1750 г., ослеплен и сослан в Аксу. Следующим правителем стал популярный в народе первый сын Галдан-Цэрэна, хотя и рожденный от наложницы, — Лама-Даржа. Это событие вновь породило споры по поводу наследования по боковой линии. Даваци, внук Цэрэн-Дондупа, предпринял попытку захватить престол в 1751 г., оправдывая свои действия тем, что его дед был братом Цэван-Рабтана. Лама-Даржа легко разгромил Даваци, и тот был вынужден бежать к казахам, преследуемый по пятам огромной джунгарской армией. Среди сподвижников Даваци был предводитель хойтов Амурсана, который избежал разгрома, а затем собрал отряд из 1000 своих соплеменников и вторгся в долину Или. Он внезапно атаковал Лама-Даржу и убил его. В результате Даваци получил возможность вернуться на родину в качестве правителя джунгаров.
Эти заговоры, междоусобные войны, убийства и политические интриги разрушили единство джунгаров. Как и другие степные империи, джунгарское государство представляло собой имперскую конфедерацию с централизованным руководством, отвечавшим за внешние сношения, торговлю, войну и внутреннюю безопасность. На местном уровне потомственные племенные вожди руководили рядовыми кочевниками и были инкорпорированы в имперскую иерархию. В нормальных условиях имперское правительство удерживало вождей в повиновении, однако в период общеимперской нестабильности местные лидеры часто действовали самостоятельно и руководствовались собственными интересами — до тех пор, пока по всей империи не восстанавливался порядок. После падения централизованной власти в Джунгарии в 1750 г. местные вожди поступали так, как им было выгодно, отказываясь выполнять приказы имперского правительства или уходя на подконтрольную Цин территорию. Маньчжурские пограничные военачальники сообщали о прибытии в Китай крупных джунгарских вождей вместе с их племенными подданными. Даже Амурсана вместе с 20 000 хошотов в 1754 г. перешел к Цинам после неудачного сражения с Даваци.
Дезертирство и беспорядки внутри Джунгарии предоставили Цянь-луну удобный шанс завершить завоевания, начатые его дедом Кан-си. В 1755 г. он подготовил новую джунгарскую кампанию, в которой в качестве ключевых фигур использовал перебежчиков вроде Амурсаны. Чтобы еще более укрепить свое политическое положение, Цянь-лун обещал каждому из четырех основных джунгарских племен сохранить за ним его коренные земли и племенных вождей. В отличие от прежних военных кампаний Цин, на этот раз маньчжурская армия двинулась в Джунгарию, не встречая серьезного военного сопротивления, поскольку большинство джунгаров предпочли перейти на сторону противника, а не сражаться за Даваци. Последний был схвачен и выслан в Пекин, где его содержали с княжескими почестями. Столь легкое завоевание, казалось, свидетельствовало о том, что джунгары больше не представляли серьезную угрозу интересам Цин во Внутренней Азии. Цянь-лун быстро вывел большую часть экспедиционных сил из Джунгарии и вернулся в Китай.
Поражение Даваци было обусловлено, однако, скорее политическими причинами и междоусобной войной в Джунгарии, чем могуществом Цин. Амурсана и другие перебежчики не намеревались отказываться от империи. Следуя стратегии внутренней границы, Амурсана использовал богатство и военную мощь Китая, чтобы выиграть в междоусобной войне, подобно тому как Цэван-Рабтан использовал их для уничтожения Галдана. Как только основные военные силы Цин покинули территорию Джунгарии, Амурсана потребовал, чтобы его признали верховным правителем джунгаров. Когда цинский двор отказал ему, Амурсана поднял восстание и создал собственную конфедерацию, состоящую из хойтов и чоросов. Цянь-лун в 1756 г. нанес ответный удар. Вновь пообещав племенным вождям сохранить за ними их должности, он направил огромные армии для повторного захвата долины Или и вынудил Амурсану бежать к казахам. После восстановления власти Цинов Цянь-лун снова вывел маньчжурские армии, оставив лишь маленький гарнизон для наблюдения за колонизацией долины Или. Спустя несколько месяцев джунгары восстали, причем под предводительством тех самых местных начальников, которых назначил Цянь-лун. Амурсана вновь встал во главе восставших.