Маньчжуры видели гораздо больше возможностей для использования политической раздробленности степи. Первоначально они просто переманили монголов на свою сторону, платя им вместо Мин, однако после поражения Лигдан-хана ввели в Южной Монголии систему знамен. Быстрое признание новой организационной формы было отчасти обусловлено тем, что в ней использовалась привычная племенная структура, в которой знамена и стрелы формировались в соответствии с традиционным племенным делением. Новая система победила и потому, что потоки материальной помощи из минского Китая привели к появлению многочисленных мелких орд, вожди которых закрепили свое привилегированное положение в системе знамен. Представители консервативной чингисидской аристократии сохранили за собой традиционные должности, а также получили новые титулы, жалования и территории с прикрепленными к ним кочевыми подданными. Эти подданные находились под постоянным контролем и не имели права покидать отведенные для проживания районы.
Цин превратила пассивный минский подход к кочевникам в активный, сохранив руководящие должности за представителями консервативной кочевой знати и сделав последних частью обширной иерархической структуры империи. Каждый мелкий правитель был связан с двором не только данническими отношениями, но и брачными союзами и своим положением в рамках цинской администрации. Агрессивные кочевые вожди находили выход своей энергии, воюя за расширение маньчжурской державы. Монгольская аристократия рассматривала собственные интересы и интересы Цин как общие. Маньчжуры решили проблему интеграции кочевников, согласившись с тем, что ими невозможно управлять бюрократическими методами. Власть в Китае оставалась бюрократической, власть в степи оставалась племенной, но обе были интегрированы в единую систему на уровне империи. В отличие от национальных китайских правителей маньчжуры не видели необходимости в использовании китайской культуры, учреждений или административных структур на территории степи.
Наибольшую угрозу для этой системы представляли джунгары. Их государство являлось образцом кочевой империи старого порядка — имперской конфедерацией, способной атаковать Китай широким фронтом. Джунгары представляли также и политическую угрозу для Китая. Система знамен в Монголии существовала благодаря сотрудничеству с маньчжурами чингисидской аристократии. Аристократы получили огромные преимущества, в то время как их подданные утратили и свободу передвижения, и политическую свободу. Успешное завоевание Северной Монголии могло открыть дорогу для свержения этой аристократии джунгарами, не принадлежавшими к Чингисидам. В результате большинство кочевников могло освободиться от власти Цин, если бы уяснило себе, что объединиться с джунгарами гораздо выгоднее. Халха-монгольская знать боялась такого поворота дел и бежала в пределы Цин после атак Галдана. Цин нуждалась в халхаской знати, тогда как в объединенной степной империи джунгаров от нее было мало пользы.
Монголы выполняли роль щита цинского Китая, а также использовались в качестве ударных войск во Внутренней Азии. Цин зависела от монгольских войск и поставок продовольствия в войне с джунгарами, хотя руководство военными действиями в основном находилось в руках представителей знамен и членов императорского клана. Именно традиционные кочевые армии, а не огнестрельное оружие позволили династии осуществить обширные завоевания во Внутренней Азии в период с середины XVII до середины XVIII в. Галдан смог успешно отразить атаку артиллерии с помощью «бронированных» верблюдов, а позднее Кан-си был вынужден оставить медленно передвигавшуюся артиллерию, чтобы нагнать отступающих джунгаров. Конница оставалась самым важным компонентом военных кампаний в степи. Вне городских и крепостных стен медленно заряжаемые пушки не имели решающего значения. Война с джунгарами велась традиционными способами.
Поражение джунгаров и включение их территории в состав империи Цин положило конец необходимости использовать монголов в качестве степной армии. Именно с этого момента начался резкий упадок монголов, и те изменения, которые накапливались на протяжении 50 лет, внезапно приобрели обвальный характер. Они включали в себя и снижение боеспособности монгольской армии, и распространение буддийских монастырей и монашества, и экономическое угнетение, которое лишало Монголию ее богатств. Все это было естественным порождением цинской административной структуры, в которой монголам отводилась маргинальная роль.