Однако в течение первых шести лет гонения на Старца еще не принимали крутого характера. Но с течением времени дело стало принимать более угрожающий оборот. Так, еще к начальному периоду относится запись некой Паши Труновой, сестры Павла Трунова, старцева ученика. Она рассказывает, что однажды, в бытность ее в Оптиной Пустыни, Старец запретил ей прийти к нему на завтрашний день, так как «будет суд».
— Кого же будут судить? — спросила Паша.
— Да меня же, — ответил Старец.
На другой день следователи допрашивали весь монастырь, но все показания благоприятствовали Старцу. Это было начало. Но с 1835 г. и особенно в 1836 г. гонения усилились. Кроме всех ложных донесений, Калужский Преосвященный получил еще через московскую тайную полицию анонимный донос с обвинениями по адресу Старца и настоятеля. Говорилось, что последний несправедливо оказывает скитским старцам предпочтение перед живущими в монастыре и что Скит причиняет монастырю большой подрыв; и если он не уничтожится, то древняя обитель разорится и т. д. Следствием этого доноса было то, что настоятель был вызван для объяснений. А Старцу было запрещено носить схиму, так как он был пострижен келейно, и строжайше запрещено принимать посетителей.
Старца перевели из Скита в монастырь и там переселяли из келлии в келлию. Старец относился к этим невзгодам с полным благодушием, и с пением «Достойно есть» он переносил на новое место самолично Владимирскую икону Божией Матери — благословение о. Паисия Величковского старцу Феодору.
«Однажды игумен Моисей, — говорит жизнеописатель Старца, — проходя по монастырю, увидел огромную толпу народа перед келлией Старца, между тем как недавно последовало из Калуги повеление никого не пускать к нему. Отец игумен вошел к Старцу в келлию и сказал:
— Отец Леонид! Как же вы принимаете народ? Ведь владыка запретил принимать. Вместо ответа Старец, отпустив тех, с кем занимался, велел келейникам внести к себе калеку, который в это время лежал у дверей его келлии. Они принесли его и положили перед ним. Отец игумен с недоумением смотрел на него.
— Вот, — начал Старец свою речь, — посмотрите на этого человека. Видите, как у него все члены телесные поражены. Господь наказал его за нераскаянные грехи. Он сделал то-то и то-то, и за все это он теперь страдает — он живой в аду. Но ему можно помочь. Господь привел его ко мне для искреннего раскаяния, чтобы я его обличил и наставил. Могу ли его не принимать? Что вы на это скажете?
Слушая о. Леонида и смотря на лежавшего перед ним страдальца, о. игумен содрогнулся.
— Но Преосвященный, — промолвил он, — грозит послать вас под начал.
— Ну так что ж, — ответил Старец, — хоть в Сибирь меня пошлите, хоть костер разведите, хоть на огонь меня поставьте, я буду все тот же Леонид! Я к себе никого не зову, а кто приходит ко мне, тех гнать от себя не могу. Особенно в простонародии многие погибают от неразумия и нуждаются в духовной помощи. Как могу презреть их вопиющие духовные нужды?
Отец игумен Моисей ничего не мог на это возразить и молча удалился, предоставляя Старцу жить и действовать, “как укажет ему Сам Бог”».
Старцу, как уже сказано, не удалось бы сдобровать, если бы не заступничество обоих митрополитов Филаретов. Митрополит Киевский заступился за Старца, находясь на чреде в Синоде, а также посетил Оптину Пустынь, где оказывал о. Льву в присутствии епархиального архиерея особые знаки уважения. К митрополиту Филарету Московскому прибег письменно старец о. Макарий через епископа Игнатия (Брянчанинова). Митрополит Филарет написал Калужскому епископу: «Ересь предполагать в о. Леониде нет причины».
Незадолго до смерти Старца опять возникли гонения на него и на монашествующих женских обителей, где находились духовные дочери Оптинских старцев. Монахини были изгнаны.
Это гонение было основано на невероятном невежестве. Старца называли масоном, а святоотеческие книги, как авва Дорофей, им данные монашествующим — чернокнижием. Однако перед самой кончиной Старца монахини были оправданы, так что Старец вздохнул свободно. Впоследствии выдающиеся ученицы о. Льва заняли начальственные должности.
С первых чисел сентября 1841 г. Старец стал ослабевать и проболел пять недель. Молодой келейник Старца о. Иаков137 слышал его молитву: «Благодарю Тебя, милостивый Создатель мой, Господи, что я избежал тех бед и скорбей, которых ожидает грядущее время, но не знаю, избежите ли вы их.
— Поди сюда, Яша!
Я подошел. Старец благословил меня и еще повторил те самые слова. Я, как был в то время млад и неопытен, не спросил Батюшку, какие это беды и скорби. А после его кончины и желал бы знать, да уж было поздно».
Такова была запись келейника Иакова, впоследствии иеромонаха Иоакима Киево-Печерской Лавры.
После жестоких страданий великий старец о. Лев отошел ко Господу 11 октября 1841 года. Общая скорбь была неописуема, и велико было стечение народных масс у гроба усопшего.
