Пока его не было, бояре повесили 56 зачинщиков бунта. Розыск и дознание они вели по всем правилам тогдашней «пыточной» науки, пытаясь отыскать письмо Софьи, которое зачитывал соратникам Маслов. Но стрельцы не сдали свою царевну: самые жестокие пытки выдержали они, ни намеком, ни полсловом не обмолвились о письме. Нас обижали, мы давно не видели жен и детей, мы хотели отдохнуть, упрямо твердили они. Бояр это устроило. Они повелели повесить «всего» 56 человек, остальных заключили в темницы разных монастырей. (По сведениям Гордона, воевода Шеин, руководивший дознанием, приказал повесить около 130 человек, отправить в монастыри 1845 человек, из которых впоследствие сбежало на свое счастие 109 человек.)
В конце августа в столицу явился Петр. На следующий день, 26 августа, в селе Преображенском он начал преображать Россию: самодержец лично обрезал боярам бороды, укорачивал длинные их одежды, приказывал одеваться по-европейски. Стрельцы, борцы за русскую старину, две недели молча наблюдали за происходящим обновлением. Они боялись худщего, и худшее пришло.
В середине сентября царь приказал свезти в Москву и ближайшее Подмосковье провинившихся стрельцов, и началось новое, страшное следствие. В селе Преображенском Федор Юрьевич Ромодановский, получивший нагоняй от Петра, теперь исправлял свою ошибку. В четырнадцати специально оборудованных камерах производились пытки стрельцов. Их руки со спины привязывали к перекладине и били кнутом «до крови на виске». Если пытуемый держал удары кнута хорошо и не сдавался, не наговаривал на себя, то его выводили на улицу, где постоянно горели около тридцати костров: один, например, горел ярким пламенем, «заготавливая» в огне угли, а на другом, в углях, уже жарился стрелец молчаливый. Многие, конечно же, пытку углями не выносили, кричали так, что даже у пытавших что-то вздрагивало внутри, но даже в диком крике своем стрельцы не сдавали Софью. Не руководила она заговором и мятежом, и все. Некоторые воины пыток не выдерживали, «сознавались». Мы хотели перебить иностранцев в Немецкой слободе и посадить на русский престол Софью. Но даже поджаренные, истекающие кровью стрельцы, даже в полуобморочном состоянии не сознавались в главном, не сдавали царевну, упрямо твердили: она не участвовала в мятеже.
