На основании опытов, проведенных с Леони, а также из информации, полученной из общения с членами делегации, которая приезжала в Гавр, чтобы посмотреть на его пациентку, Жане решил следовать основополагающим методологическим правилам: во-первых, всегда осматривать пациентов самому и без свидетелей, во-вторых, вести точную запись того, что пациенты говорят или делают, (он называл это методом автоматической ручки) и в-третьих, подвергать тщательнейшему рассмотрению всю историю жизни пациентов и их лечения в прошлом. Такие принципы могут показаться очевидными сегодня, но в те времена они были новшеством. Первые результаты его исследований были опубликованы отдельными частями в журнале «Revue Philosophique» с 1886 по1889 годы и составили суть главного тезиса Жане «Психический автоматизм» (L'Automatisme Psychologique).
Для написания докторской диссертации в то время требовалось представить тщательно разработанный основной тезис на французском языке и меньший по объему дополнительный тезис, в котором освещалась бы какая-то другая проблема на латыни. В качестве этого второго тезиса, написанного на латинском языке, Жане выбрал тему «Бэкон и алхимики».22 Жане, по-видимому, находился под большим впечатлением личности Фрэнсиса Бэкона, человека, который был одновременно учеником алхимиков (и таким образом, наследником старых, ушедших в прошлое знаний), но в то же время пионером новой экспериментальной науки. Жане тоже являлся наследником вековой традиции философской психологии (одним из ее последних представителей был дядя Жане, Поль), но он чувствовал, что должен принять участие в основании новой, экспериментальной психологии, о которой говорил Рибо, психологии, первым шагом к созданию которой явился главный тезис диссертации самого Жане «Психический автоматизм».
На фотографии 1889 года, сделанной в конце пребывания Жане в Гавре, мы видим его сидящим у своего любимого дерева в саду. Вскоре ему предстоит покинуть Гавр и направиться в Париж, чтобы предстать перед членами экзаменационной комиссии, а затем начать новую научную карьеру. Как и на других его фотографиях, сделанных в этот период, Жане производит впечатление человека, полного энергии, но сдержанного, способного к величайшей концентрации мысли.
Церемония представления диссертации состоялась 21 июня 1889 года в Сорбонне на заседании Ученого Совета под председательством декана факультета Гимли.23 Комиссию составляли профессора Бутру, Марион, Сеэй, Воддингтон и Поль Жане.24 Против положений, изложенных в диссертации, были высказаны многочисленные замечания и возражения, но острота ума, логичность аргументов и красноречие Жане произвели на членов комиссии большое впечатление. Жане получил поздравления членов Жюри, которые с уважением отнеслись к тому, что он твердо решил оставаться в своих исследованиях в области философии, не посягая на выход из нее в сферу медицины.
Жане, который был уже хорошо известен в философских и психологических кругах благодаря публикациям, которые он сделал за предшествующие три с половиной года, теперь завоевал репутацию настоящего мэтра. Он переехал в Париж, где получил новую работу. Церемония представления его диссертации состоялась во время проведения в Париже Международной Выставки 1889 года. Ученые, приехавшие со всего мира, встречались в Виль-Люмьер на конгрессах, которые проводились беспрерывно по два-три одновременно. С 8 по 12 августа проводился Международный Конгресс по экспериментальному и терапевтическому гипнозу.25 Жане входил в организационный комитет Конгресса наряду с Льебо, Бернгеймом, Дежереном и Форелем и имел прекрасную возможность познакомиться со всеми знаменитостями психологического и психиатрического мира. Среди 300 участников Конгресса были Дессуар, Майерс, Уильям Джеймс, Ломброзо и невропатолог из Вены по имени Зигмунд Фрейд.
Жане с самого начала знал, что он не сможет продолжать свои исследования в области психопатологии, если не получит звание доктора медицинских наук, и он решил заняться учебой, не прекращая своей профессиональной деятельности и научных исследований. В период с 1889 по 1893 годы Жане поглощен работой, он выполняет обязанности преподавателя сначала в Лицее Ле Гран, на протяжении 1889-1890 учебного года, а затем в Коллеж Ролле. Единственным дошедшим до нас свидетельством его деятельности в этот период является речь, произнесенная 30 июля 1892 года на вечере, посвященном награждению лучших учащихся, в которой Жане обратился к выпускникам со следующими словами: «Чему вы научились за десять лет пребывания в средней школе? Разумеется, вы получили определенный объем знаний основ науки и некоторые навыки интеллектуальной работы, приобретенные благодаря упражнениям в сочинении и изложении. Но помимо этого, цель высшего образования - научить понимать других, научить задумываться над социальными проблемами, научить относиться с разумной долей сомнения и терпимости к мнению окружающих».26
