Елена долго упрашивала мужа проинформировать константинопольского патриарха Иоакима об основании Супрасльского монастыря. Она понимала, что этот факт будет иметь огромное значение, благотворно скажется на религиозных чувствах православного населения. Кроме того, этим обращением великий князь косвенно признал бы влияние патриарха на дела западнорусской церкви, его право награждать за деятельность на пользу православию. И Александр внял ее неоднократным просьбам. Король похвально о благотворительности своего маршалка, православного Ходкевича, подчеркнул его «правоверность». А сам монастырь назвал «славным».
Патриарх прислал свое благословение Ходкевичу и епископу смоленскому Иосифу Солтану за их пожертвования, давал ряд наставлений монастырской братии и повелел, чтобы имена благотворителей были вечно поминаемы в монастыре. И братия записала их в свой субботник.
Елена видела, что высшее духовенство далеко не всегда было на высоте своего призвания, что большинство владык не заботилось об интересах веры и церкви, а только о личных и имущественных благах. Это обостряло проблему привлечения светских людей к церковным делам, об участии в них самой паствы. Великая княгиня понимала и то, что участие населения в делах церкви было средством обоюдоострым: с одной стороны, оно сдерживало недостойных пастырей и поддерживало ревность к вере; а с другой — имело иногда вредные последствия.
Митрополит Иона допускал участие в церковных делах светских лиц. При нем патроном Супрасльского монастыря стал Ходкевич, Коложского — Богуш Боговитинович. Причем митрополит отказался от всех доходов с этого монастыря и даровал его ктитору право избирать игумена. Такую позицию митрополита полностью поддерживала и Елена. Она взяла в патронатство минский Вознесенский монастырь.
Великая княгиня способствовала повышению духовного авторитета владык не только тем, что влияла на избрание епископами достойных лиц, но и защитой, ограждением от всякого рода посягательств их власти и имущественных прав. В 1503 г. она добилась возвращения полоцкому епископу Луке отнятых у него четыре года назад вотчин.
Благотворительность в пользу церквей и монастырей была не только важной душевной потребностью великой княгини, но она считала ее своей обязанностью. Пречистенскому собору она пожертвовала свое имение Жагоры. Многое сделала для обновления и убранства Покровской церкви, которая была сооружена на месте одной из башен стены, окружавшей кривой замок. При Елене эта церковь стала дворцовой. В честь нерукотворного образа Спасителя ею была построена Спасская церковь. Образ Спасителя, выставленный ею в этом храме, был некогда привезен в Москву Софьей Палеолог вместе с чудотворной иконой Божьей Матери. Эти иконы, вывезенные из Византии, сопровождали Елену по пути в Литву. Стараниями великой княгини был устроен Свято-Духовский монастырь на месте деревянной церкви, построенной первой супругой Ольгерда Марией Ярославовной. Ею же была восстановлена деревянная Свято-Духовская церковь. Не оставила без внимания княгиня и Свято-Троицкую обитель, где находился образ Корсунской Божьей Матери. Когда при строительстве стены были воздвигнуты Медникские ворота, эта икона по желанию Елены была размещена над ними, что было в обычае Руси. Охрана города, таким образом, поручалась Божьей Матери.
