В августе 1941 года Эммерман направился на трёхмесячные курсы командиров подлодок, после чего ему было присвоено очередное звание – капитан-лейтенант. 5 ноября 1941 он получил под своё командование лодку U 172 – новенькую «девятку» типа IXC, на которой впоследствии пять раз выходил в море, топя в среднем по 30 000 брт за поход. После прохождения испытаний и курса обучения экипажа в апреле 1942 года субмарина вошла в состав 10-й боевой флотилии, базировавшейся во французском Лориане. 22 апреля лодка вышла из Киля, чтобы совершить переход во Францию, который продлился 12 суток. Это был единственный поход Эммермана, в котором он не потопил ни одного судна. Спустя пять дней U 172 отправилась в Карибское море, где её жертвами стали девять судов общим тоннажем 40 619 брт. Последним судном, потопленным Эммерманом в этом походе, был американский сухогруз «Санта Рита», которой стал причиной настоящей бойни судов союзников в конце 1942 года.
Эммерману удалось захватить на «Санта Рите» очень ценные документы, включая сведения об обороне важного южноафриканского порта Кейптаун. На основании этих данных штаб подводных сил спланировал операцию «Кейптаун», которую должна была проводить группа «Айсбер», включавшая четыре подводных крейсера типа IXC и подводный танкер U 459. Одновременно с ними в Индийском океане должна была начать действовать группа из четырёх лодок типа IXD2 и итальянской субмарины «Каньи». Правда, из-за истории с британским лайнером «Лакония» события стали развиваться совсем не так, как предполагал Карл Дениц. Командующему пришлось произвести рокировку лодок, заменив в группе «Айсбер» U 156 Вернера Хартенштайна другой субмариной.
В результате операции «Кейптаун» немецкие подлодки отправили на дно 62 судна, включая шесть войсковых транспортов, общим тоннажем 380 000 брт, достигнув таким образом результата в восемь потопленных судов – или почти 50 000 брт – на одну субмарину за поход. Американский историк Клэй Блэйр справедливо назвал действия немецких лодок у Кейптауна
В ходе операции «Кейптаун» U 172 отправила на дно восемь судов на 60 048 брт. Таким образом, Эммерман довёл свой счёт потопленного тоннажа до 100 000 брт, за что был награждён Рыцарским крестом. Любопытно, что штаб подводных сил засчитал командиру U 172 за два похода всего лишь 97 380 брт, хотя по современным данным его результат составил 100 667 брт.
Третий поход U 172 в Атлантику снова не обошёлся без интересных событий. Вернувшись из Южной Африки в декабре 1942-го, лодка была готова к походу в конце февраля 1943 года. 21 февраля она снова вышла в море для действий у Азорских и Канарских островов против конвоев, проводимых союзниками в рамках операции «Торч». За время этого похода Эммерману удалось потопить пять судов на 28 467 брт. И именно в этом походе произошло третье важное событие в карьере Эммермана, сослужившее дурную службу подводным силам Третьего рейха.
7 апреля 1943 года U 172 атаковали два «Либерейтора» из 1-й противолодочной эскадрильи армии США. Клэйр Блэйр во втором томе своего капитального труда о подводной войне в Атлантике описал этот случай так:
