Ключарев был одним из самых преданных Новикову и всем его начинаниям членов московского масонского кружка. Он участвовал в «Собрании университетских питомцев» — масонской ложе, созданной И. Г. Шварцем в 1781 году. В «Ложе святого Моисея» Ключарев быт «мастером стула», в «Магазине свободных каменщиков» (1784) напечатал речь, произнесенную им в этой ложе. Ключарев был также членом «Дружеского ученого общества» и на открытии этого общества прочел 6 ноября 1782 года свою оду. Когда московские масоны стали самостоятельной, восьмой «провинцией» европейского масонства, Ключарев вошел в состав «директории» из пяти человек, которую возглавлял Новиков.
Разгром новиковского кружка в 1792 году на Ключареве не отразился. Он продолжал служить в почтовом ведомстве, оставаясь масоном по убеждениям и поддерживая связи с теми, кто остался, как он, верен их прежним идеям.
По выходе из Шлиссельбургской крепости Новиков сначала заехал в деревню к Ключареву, а затем уже к себе в Тихвинское.
Весь последний период своей жизни, проведенный в Тихвинском, Новиков, почти никуда не выезжавший, часто бывал у Ключарева, в любви и преданности которого был уверен.
