Обладавший эффектной, красивой внешностью, сказочно богатый, великолепный наездник, Гонсало при всем этом отличался мстительностью и импульсивностью, по его убеждению, люди, окружавшие его, могли быть ему либо добрыми друзьями, либо злейшими врагами. С момента гибели трех своих братьев и заключения в тюрьму четвертого склонность Гонсало видеть мир в черно-белых красках, вне всякого сомнения, лишь усилилась. Оказавшись перед лицом неприятной перспективы жить под пятой правления нового вице-короля — человека, не принимавшего никакого участия в завоевании Перу и, таким образом, ничем не рисковавшего, Гонсало самым предсказуемым образом пошел на поводу у своего характера: его импульсивность сразу поместила вице-короля в самое начало списка злейших врагов, после чего Гонсало объявил себя новым губернатором Перу.
Осуществленный Гонсало захват власти был одновременно актом и импульсивности, и измены. Вскоре ему было суждено ввергнуть Перу в новую тотальную гражданскую войну. «Возможно ли, — спрашивал раздосадованный вице-король, узнав о мятеже Гонсало, — чтобы нашему повелителю великому императору [королю Карлу], который внушает страх во всех провинциях Европы и к которому даже турки, хозяева всего Востока, не осмеливались проявлять враждебность, теперь бросает вызов и отказывается повиноваться какой-то ублюдок, не желающий повиноваться установленным законам?» Увы, это было возможно, более того, это был уже свершившийся факт. Неграмотный Гонсало Писарро не только отказывался исполнять законы короля; он даже отказался признать назначенного королем вице-короля. Гонсало, может быть, и был неграмотен, подобно своему брату Франсиско, но он также инстинктивно понимал законы власти и политики. Ему представлялось очевидным то, что король посредством своего нового вице-короля пытается завладеть королевством, которое завоевали братья Писарро, рискуя своей жизнью, — и он был полон решимости предотвратить новый поворот событий. «Желания Испании… хорошо понятны, несмотря на весь напущенный ею туман лицемерия, — язвительно писал Гонсало офицерам, решившим встать на его сторону. — Она… [желает] воспользоваться тем, за что мы… проливали свой пот, и взять чистыми руками то…[за что мы проливали] свою кровь. Но сейчас, когда они обнаружили свои намерения, я обещаю показать им… что мы принадлежим к тому сорту людей, который может отстоять свое».
В разговоре с эмиссаром, которого вице-король послал для переговоров с Гонсало, Писарро раскрыл еще более глубокую свою мотивацию: свою безусловную страсть к власти. «Смотрите же, я должен быть губернатором, поскольку мы здесь не верим больше никому, даже моему брату Эрнану Писарро… Меня ни на йоту не интересует ни мой брат Эрнан, ни мои племянники и племянницы, ни 8000 песо, которые у меня есть в Испании… Я должен умереть правителем!.. Таков мой ответ, и говорить тут больше не о чем».
Как небольшая трещина в леднике мало-помалу разламывает его, превращаясь в ширящуюся расщелину, так и испанское Перу постепенно раскололось на тех, кто поддерживал мятежного Гонсало Писарро, и тех, кто стоял за короля. Почти на всю ночь Перу стало исключительно опасным местом для находившихся там испанцев. В ярости на всех тех, кто был в оппозиции к нему или хотел остаться нейтральным, Гонсало принялся казнить подряд всех тех испанцев, которые отказались его поддержать. И все это несмотря на тот факт, что многие из этих людей были богатые энкомендеро, сражавшиеся плечом к плечу с Писарро еще со времен пленения Атауальпы. Без всякой жалости Гонсало казнил примерно 340 своих соотечественников — это число превышало количество испанцев, которых инкам удалось убить за все годы восстания.
Несмотря на свое импульсивное поведение, Гонсало поначалу имел большой успех в плане захвата верховной власти; он приказал начать преследование вице-короля, в итоге схватил его, казнил и отрезал ему голову, выставив ее на железной пике на всеобщее обозрение. Однако корона вскоре перешла к другому королевскому представителю в Перу, Педро де ла Гаске, который постепенно собрал новое войско и двинул его на поиски человека, которого король ныне считал предателем.
9 апреля 1548 г. на высокой холодной равнине близ города Хакихауана, находящегося в нескольких милях к западу от Куско, Гонсало и около 1500 его тяжеловооруженных бойцов выстроились для сражения с роялистскими войсками, насчитывавшими примерно такое же количество человек. Импозантно выглядевший Писарро, не проигравший еще ни одной битвы ни туземцам, ни испанцам за шестнадцать лет своего пребывания в Перу, «выглядел очень величественно на своем мощном гнедом коне; на нем была кольчуга и эффектный нагрудник, на голове у него был золотой шлем с защитным ограждением подбородка», — писал летописец Гарсиласо де ла Вега. Надменный владелец ряда золотых и серебряных рудников, обширных энкомьенд, последний знаменосец фамилии Писарро, Гонсало поставил все на исход этой самой важной для него битвы.