В десятилетия, последовавшие за убийством Манко Инки и казнью Гонсало Писарро, Испания постепенно стала усиливать и укреплять свое правление в бывшей Инкской империи Тавантинсуйю, по мере того как в страну стало прибывать все большее число губернаторов, управляющих и прочих испанских должностных лиц. Частное предприятие по захвату чужой территории, которое было организовано небольшой независимой группой предпринимателей, многие из которых позднее превратились в энкомендеро, ныне стало полностью поднадзорно их родной стране, чьи управляющие щупальца все более и более множились в числе и разбухали. В 1532 г. в Инкскую империю, насчитывавшую примерно десять миллионов жителей, вторглись 168 испанцев. Четыре года спустя, когда Манко Инка поднял восстание, в разных уголках империи насчитывалось уже около 1500 испанцев, — Манко удалось уничтожить порядка двух сотен человек, то есть менее пятнадцати процентов. Ко времени гибели Манков 1544 г. число испанцев выросло до 5000 человек, и они привезли с собой две-три тысячи африканских рабов, которые должны были помогать осуществлять процесс колонизации. К 1560 г., менее чем через двадцать лет, испанское население удвоилось, достигнув 10 000 человек, а африканское население удвоилось до 5000 человек. Перу продолжало управляться вице-королем — под контролем со стороны испанской короны.
По мере того как все большее количество испанцев прибывало в Перу, с большей интенсивностью начали строиться новые города, установился строгий контроль за добычей ценных металлов, сбором урожая и взиманием налогов. Более тяжелой стала трудовая повинность, возложенная на местное население, сменившее одного хозяина — инков на другого — христианских виракочей. Однако замена была совсем неравноценной, поскольку туземцы, теперь платившие дань испанцам, имели намного меньше прав, размер дани сильно вырос, и получали туземцы намного меньше, чем во времена правления инкской элиты. Можно сказать, что местные жители Тавантинсуйю ныне не получали практически ничего от своих новых феодалов — от этих пятисот испанских энкомендеро, составлявших всего лишь пять процентов от всего испанского населения Перу. Один обозреватель указывал:
«Дань и налоги, которые они вынуждены платить… сопряжены для них с огромными тяготами. У них не только ничего не остается, [что позволяло бы им] откладывать про запас… [но у них также нет ничего], что позволяло бы им хоть как-то перенести периоды нужды и болезней, накормить и вырастить своих детей. Они живут в нищете и отсутствии всего необходимого, и они никогда не выберутся из долговой и налоговой ямы. Эти тяжелейшие обстоятельства приводят к очень быстрому их физическому истреблению».
Другой очевидец тех событий писал:
«Горе и страдания их проистекают из нищеты и рабства, в которых они находятся… Даже во время празднеств они рыдают… и их песни полны тоски, поскольку дань, которую они платят испанцам, совершенно лишила их сил и работоспособности. Они начали думать, что пока они и все их потомки обитают на этой земле, они будут обязаны работать на испанцев».
Туземцы, продолжавшие пасти свои стада, возделывать землю и работать в шахтах, отдавали производимый излишек непосредственно новой испанской элите, которая использовала часть этого сырья для покупки производимых в Испании товаров. Энкомендеро также использовали денежную сумму, образовавшуюся у них в результате сбора дани с туземцев, для покупки еще большего числа африканских рабов, а также для приобретения разного рода продукции и услугу испанских торговцев, врачей, адвокатов, нотариусов и ремесленников, приезжавших в Перу. Как и во времена правления инков, вся могучая колониальная структура была ориентирована на бесконечную эксплуатацию дешевого труда туземных трудящихся — управление этим эксплуататорским механизмом и являлось изначальной мотивацией завоевания испанцами Перу.
