На результат сражения при Хакихауане, как его впоследствии стали называть, в конечном счете повлияли политические, а не военные действия. В критический момент многие из воинов Гонсало, которым еще до сражения тайным образом было сообщено о даровании им прощения со стороны нового представителя короля, дезертировали и перешли на сторону роялистов. Всегда непреклонный, храбрый и пылкий, Гонсало отказался бежать с поля боя, хотя он знал, что если его схватят, то, несомненно, казнят. Было очевидно, что его армия разгромлена, но конкистадор спокойно направился к роялистским войскам и сдался. На следующий день «они приговорили его к обезглавливанию, было отдано распоряжение, чтобы его голова была помещена в специально изготовленную для этого оправу и чтобы эта оправа висела на королевской виселице Города Царей». Тридцатишестилетний Писарро, который на протяжении трех с половиной лет вкушал власть, которой обычно пользовались только короли, в последний раз кинул взгляд на страну, в завоевании которой он принимал участие, после чего спокойно положил голову на деревянную колоду. Палач высоко поднял стальной топор и затем опустил его, четко отделив голову от тела — она тяжело скатилась на землю. Чуть позже голова самого импозантного и красивого из братьев Писарро «была помещена в железную сетчатую оправу, над оправой была установлена табличка: „Это голова изменника Гонсало Писарро, который поднял мятеж в Перу против Его Величества и сражался против Его королевского войска в долине Хакихауане“. Помимо этого, было отдано распоряжение, чтобы все имущество Гонсало было конфисковано и чтобы все его дома в Куско были разрушены и посыпаны солью, а на этих местах были установлены соответствующие таблички обличительного содержания. Все это было сделано в тот же день».
Спустя примерно шестнадцать лет после своего прибытия в Новый Свет погиб последний из четырех братьев Писарро, которым было суждено закончить свою жизнь в Перу.
Он и его братья при помощи совершенно крошечных военных сил сумели завоевать баснословно богатую туземную империю. Однако в итоге их действия привели к вспышке мощного национального восстания, а затем и междоусобной войны, и лидеры движения погибли в том самом хаосе, который сами же и создали. Писарро недолго пришлось наслаждаться вкусом богатства и власти. Правление Франсиско Писарро в Перу продолжалось примерно восемь лет — значительная часть этого периода была омрачена восстанием Манко Инки; Гонсало правил королевством своего брата лишь три с половиной года — это был период постоянной кровавой смуты. В тот день, когда Гонсало Писарро был казнен, в живых оставался лишь один из братьев Писарро, Эрнан. Ему суждено было оставаться в темнице еще тринадцать лет. Между тем в то время как слуги короля посыпали землю солью вокруг дворца Гонсало и устанавливали там табличку: «Здесь жил изменник и мятежник Гонсало Писарро», — далеко на севере, в крошечном мятежном королевстве Вилькабамба инки наблюдали за происходившими событиями и терпеливо ждали своего часа.
«О богах, в которых мы верим, и о людях, которых мы знаем, нам известно, что повсеместно они правят в соответствии с естественным законом своей природы. И мы не первые, кто устанавливает этот закон или начинает действовать согласно ему: мы обнаружили, что он существовал до нас, и он будет существовать вечно и после нас: все, что мы делаем, это пользуемся им, зная, что вы или кто бы то ни было еще, имей он такую же власть, какой обладаем мы, поступал бы точно таким же образом, как и мы».
