Острые разногласия по поводу того, кто будет контролировать Куско и прилегающую область, возникли примерно через месяц после прибытия Альмагро. Однажды в марте 1535 г., опасаясь, что Альмагро может захватить всю столицу, двое братьев Писарро вместе со своими сторонниками установили несколько пушек в своем дворце, стоявшем на главной площади, забаррикадировали его, а затем «с явным вызовом появились на площади, готовые устроить серьезную ссору». Такое их поведение настолько разозлило Эрнана де Сото, давнего сторонника Альмагро, что между ним и Хуаном Писарро произошла настоящая стычка. По словам кузена Хуана, Педро,
«Хуан Писарро и Сото сначала перебранивались [сидя на своих лошадях]… после чего Хуан Писарро схватил пику и метнул ее в Сото, который, не будь под ним быстрого коня, оказался бы в результате повержен на землю. Хуан Писарро погнался за ним. Они оба достигли дворца, где жил Альмагро, и если бы люди Альмагро не спасли Сото, он [Хуан] убил бы его, — Хуан Писарро был очень храбрым и решительным человеком… Когда Альмагро и его люди увидели мчащегося Сото и преследующего его Писарро, они схватили свое оружие… и погнались за Хуаном Писарро. В результате представители двух противостоящих друг другу группировок собрались на площади, размахивая оружием».
Лишь благодаря вмешательству только что прибывшего представителя короля, Антонио Тельеса де Гусмана, удалось избежать взаимного смертоубийства. «Если бы христиане схватились друг с другом, индейцы напали бы на тех, кому бы удалось выжить», — писал позднее Гусман королю. Вот как описывал все происходившее Сьеса де Леон: «Все они были полны такой зависти и ненависти по отношению друг к другу, что удивительно, что они все не поубивали друг друга… В этот день был явлен первый разряд гнева между враждующими группировками».
Два месяца спустя, услышав о том, что обстановка в столице настолько накалилась, что недалеко до гражданской войны, Франсиско Писарро спешно направился в Куско. Послание короля, в котором детально формулировались условия разделения Инкской империи, все еще не было доставлено, однако Писарро, стремясь разрядить обстановку, решил договориться со своим бывшим партнером. Им обоим к тому времени было известно, что они завоевали лишь около двух третей территории Инкской империи. Обходя стороной вызывающий острые разногласия вопрос о том, кому принадлежал Куско, Писарро выразил Альмагро свою готовность профинансировать масштабную экспедицию по исследованию и завоеванию южной части империи. Она, естественно, территориально должна была относиться к владениям Альмагро. Писарро, таким образом, надеялся, что посредством спонсирования этого завоевания ему удастся избавиться от своего партнера, начинавшего доставлять ему все большее беспокойство, и одновременно разрядить взрывоопасную политическую ситуацию в Куско. В любом случае на юге должно было быть достаточно золота, серебра и крестьян, чтобы удовлетворить запросы и самого Альмагро, и нескольких сотен его новых воинов.
Явно желая как можно быстрее приступить к активному исследованию своего губернаторства, Альмагро согласился на это предложение. С достаточно серьезными основаниями можно было предполагать, что на юге существовали богатые инкские города и плодородные земли, но вообще испанцы знали об этом регионе немного. Что в настоящий момент надлежало сделать Альмагро — это выбрать себе заместителя, на которого он мог бы полагаться в ходе экспедиции и который был бы по-настоящему верен ему, Альмагро, а не Писарро.
Тридцатичетырехлетний Эрнан де Сото выдвинул свою кандидатуру на это место, выразив готовность заплатить Альмагро за эту привилегию огромную сумму в золоте и серебре. Сото сумел оценить выгодность данного положения, и, хотя он был очень богат, у него имелись планы когда-нибудь начать управлять своим собственным королевством. Может быть, ему посчастливилось бы обнаружить какую-нибудь туземную империю к югу или востоку от Инкского государства? В случае занятия должности заместителя командующего Сото имел бы веские основания просить короля о предоставлении ему собственного губернаторства. Но Альмагро отклонил кандидатуру Сото, выбрав вместо него воина по имени Родриго Оргоньес, который за последние пять лет делам и доказал свою верность Альмагро.
