Бывший вице-губернатор Эрнан де Сото ныне также готовился покинуть Инкскую империю. Лишившись возможности стать заместителем Альмагро во время его экспедиции, Сото покинул Куско вместе с караваном, груженным золотыми и серебряными слитками, намереваясь на ближайшем корабле отправиться в Испанию. Энергичный кавалерийский офицер, который провел испанское войско через Анды, теперь должен был покинуть Перу навсегда. Оказавшись в Испании, Сото использует свою долю инкских сокровищ для получения королевской лицензии на завоевание малоизвестной области Флориды. Сото надеялся обнаружить там Индейскую империю, подобную тем, которые уже открыли Кортес и Писарро, и стать затем ее губернатором. Но восемь лет спустя, после продолжавшегося три года похода, охватившего территории таких современных штатов, как Флорида, Южная Каролина, Теннесси, Алабама, Арканзас, Оклахома, Джорджия и Миссисипи, Сото, у которого к тому времени полностью истощились припасы, умер от лихорадки на берегу реки Миссисипи. Ему было сорок два года.
После того как город покинули Франсиско Писарро, Альмагро, Сото и большинство новоприбывших испанцев, Куско остался в руках Манко Инки и двух младших братьев Писарро, Хуана и Гонсало. Хотя двадцатичетырехлетний Хуан Писарро имел репутацию крайне импульсивного человека, он пользовался популярностью среди рядовых конкистадоров. Великолепный всадник, Хуан стал капитаном в двадцатидвухлетнем возрасте, вместе с Сото он проехал по территории Перу во главе кавалерийского отряда. В отсутствие Сото и Альмагро Франсиско назначил Хуана новым коррехидором, или вице-губернатором города.
Будучи на год младше Хуана и на тридцать пять лет младше своего брата Франсиско, Гонсало Писарро был высоким, элегантным, очень красивым молодым человеком и имел репутацию ловеласа. Двадцатитрехлетний Гонсало был также «превосходным всадником и… великолепным стрелком из аркебузы», — писал историк XVI в. Агустин де Сарате. Хотя он был неграмотным, «он умел хорошо изъясняться. Правда, его язык был отмечен преизрядной вульгарностью».
У Гонсало было одно характерное свойство: он имел склонность рассматривать других испанцев либо как своих добрых друзей, либо как своих злейших врагов. Это была определенно отрицательная черта, которой суждено было оставить свой след и на биографиях обоих Писарро, и на истории государства Перу. В отличие от Хуана, единственного из всех Писарро, имевшего репутацию щедрого человека, Гонсало был самым скупым членом семейства, к тому времени уже прославившегося своей крайней скаредностью.
Теперь, когда Куско оказался в руках двух молодых братьев-смутьянов — и в отсутствие умиротворяющего влияния Франсиско Писарро, — отношения между испанцами и местными жителями естественным образом начали ухудшаться. Живущие в Куско испанцы, зная о том, что брат Манко, Атауальпа, собрал огромное количество сокровищ, были убеждены в том, что и сам Манко должен был знать, где еще находятся золото и серебро. Вскоре они начали оказывать давление на молодого императора, требуя, чтобы он раскрыл местонахождение сокровищ. Сначала Манко готов был потрафить испанцам, раскрывая один за другим тайники, где были сокрыты золотые и серебряные статуэтки, украшения и другие предметы. Но чем больше он отдавал, тем больше испанцы требовали от него. Сын Манко, Титу Куси, позднее комментировал это в таких словах: «Жадность завладела людьми до такой степени, что… они снова и снова приходили донимать моего отца, чтобы заполучить еще больше серебра и золота, сверх того, что уже было вытребовано ими».