Правительство забило тревогу. И приказало Ромодановскому снова вести войска из Белгорода на Украину. Вроде бы под благовидным предлогом «защиты от татар» — но татары-то были союзниками Выговского. Гетман обеспокоился и рассыпался в верноподданнических заверениях. Доказывал царю, что обстановка у него нормальная, мятеж подавлен, угрозы со стороны хана нет, а от мелких крымских отрядов казаки и сами могут отбиться. Поэтому просил отозвать войска. Что ж, Алексей Михайлович строго придерживался обязательств, взятых на себя по Переяславскому договору: внутренние дела казаков — дело самих казаков, Россия в них не вмешивается. Ромодановский получил приказ возвращаться на места постоянного расквартирования, что явилось серьезнейшей ошибкой царя…
Напряжения между государственной и патриаршей властью накапливались. Еще в 1649 г. по Соборному Уложению было введено налогообложение церковных земель и учрежден Монастырский приказ. Никон смирялся с этим, пока сам распоряжался казной. Но теперь негодовал, добивался отмены закона, а главу Монастырского приказа Одоевского называл не иначе как «новым Лютером». Окружение Алексея Михайловича отвечало аналогичной неприязнью. И Семен Стрешнев, дядя царского приближенного, пируя однажды с гостями, пошутил — сравнил поведение своей собаки с манерами Никона. Патриарху донесли. И на службе в Успенском соборе, в присутствии царя, он неожиданно предал Стрешнева проклятию, приказав служителям вывести его из храма. Столь неадекватное возмездие возмутило Алексея Михайловича, стало новым толчком к отчуждению.
Конфликт прорвался наружу в июле 1658 г. В Москву приехал кахетинский царь Теймураз с просьбой о поддержке против иранского шаха. Значит, как обычно, требовалось его пышно принять, обласкать, дать денег, а от серьезных обещаний вежливо уклониться, чтобы не нажить войну с Турцией и Персией. В России было принято, что любая иностранная миссия должна сперва получить аудиенцию у царя, а уже потом вести переговоры с правительством. И вдруг выяснилось, что Никон готовит собственный политический шаг! Его люди договорились с грузинами, чтобы 6 июля, в день аудиенции, те сперва заехали в Успенский собор к патриарху, а уж от него шли к царю. Что подчеркнуло бы приоритет духовной власти над светской. Причем Никон, ранее принявший титул патриарха «Великия и Малыя и Белыя Руси», намеревался на этой церемонии провозгласить себя еще и патриархом Грузинским!
Правительство схватилось за головы — такой демарш грозил непредсказуемыми осложнениями с шахом и султаном. И приставам было указано везти Теймураза прямо во дворец, минуя храм. Один из патриарших «детей боярских», Вяземский, дежурил на соборном крыльце, увидел, что посольский поезд поехал «не туда» и кинулся исправлять «ошибку». Пытаясь повернуть делегацию, очутился у нее на пути. И окольничий Хитрово, ехавший впереди и прокладывавший Теймуразу дорогу в толпе, огрел Вяземского палкой. Тот раскричался — я, дескать, «патриарший человек»! Это разозлило придворного — раз «патриарший человек», то и лезть можно всюду? И Вяземский получил еще раз. Побежал жаловаться. Никон, и без того оскорбленный, что ему сорвали важную акцию, счел тумаки своему человеку открытым вызовом и написал гневное письмо царю.
Алексей Михайлович пообещал «сыскать вину», но спустил на тормозах. И встреч с патриархом стал избегать, 10 июля, в день перенесения Ризы Господней, он не пришел на праздничную службу в Успенский собор, а отстоял ее в другом храме. Никон вспылил и решился на демонстрацию. После богослужения начал вдруг снимать с себя облачение и переодеваться в монашеское платье, объявив: «От сего времени я вам больше не патриарх, если же помыслю быть патриархом, то буду анафема». Прихожане пришли в ужас. Кто-то доложил государю, в это время обедавшему с боярами. Несомненно, Никон рассчитывал, что Алексей Михайлович, как при поставлении на патриаршество, прибежит к нему валяться в ногах, и каяться. Однако этого не произошло. Царь прислал Алексея Трубецкого выяснить претензии патриарха и попросить его не доводить до крайностей, остаться на своем посту.
Вести переговоры с первым боярином и военачальником Никон счел ниже своего достоинства. Вручил для царя заранее заготовленное рассерженное послание и остался ждать, когда придет сам государь. А тот не пришел. И послание читать не стал, рассудив, что в гневе человек мог написать лишнего, о чем сам потом жалеть будет. Явился опять Трубецкой, вернул нераспечатанный конверт и повторил просьбу Алексея остыть, одуматься и не оставлять патриаршество. Но Никон уже закусил удила и объявил, что удаляется. Прихожане все еще толпились у собора, не пускали его, выпрягли лошадей из кареты. Он упрямо пошел пешком.