Викарий владивостокского архиепископа, преосвященный Павел, прежде сам возглавлявший Сеульскую Миссию, писал 17 апреля 1918 г. архимандриту Феодосию из Москвы: «Сообщаю Вам, что я докладывал о бедственном положении Сеульской Миссии Собору и писал доклады спешные, но практической пользы добьемся едва ли скоро, ибо Церковь наша не только бедна, но и нища, а сборы церковные теперь тащат во все стороны, чтобы заткнуть вопиющие нужды на местах. Притом 40 миллионов церковных денег конфискованы. Ввиду этого я уже писал Вам, чтобы Вы продавали ненужные церковные здания, а затем и дачу за северными воротами. Бывшую женскую школу сдайте в аренду, если нельзя сдать главного миссийского здания… Бедствуют все Миссии: Пекинская тоже приступила к распродаже кое-какого имущества»[179]. Покупателей на здания Миссии не находилось. Несмотря на все трудности, владивостокский архиепископ Евсевий просил отца Феодосия не покидать Сеул. Миссия фактически была предоставлена самой себе. Позднее иеромонах Феодосий писал, что закрытия Миссии не произошло лишь «только по нравственной поддержке архипастырей владивостокских, отечески советовавших… держаться до последней крайности»[180].
Неожиданная поддержка пришла Миссии со стороны инославных и иноверных. Так, начальник англиканской миссии в Сеуле епископ Троллоп поддерживал Миссию в течение 19 месяцев денежными субсидиями. Также и проживавший в Токио иудей М. Гинсбург пожертвовал Сеульской Миссии крупную денежную сумму, без каких-либо обязательств со стороны Миссии. Корейской Миссии также оказало помощь и Российское Императорское Посольство в Токио. Несмотря на оказанную помощь, Начальник Миссии должен был сдать в аренду под огороды значительную часть земель. Все свободные квартиры были также сданы русским эмигрантам. Бедная корейская паства не в состоянии была материально поддержать Миссию (к тому времени в Приморье, Корее и Японии проживало около 6 000 православных корейцев, в самой Корее – около 600 человек).
В 1920 г. иеромонах Феодосий (Перевалов) был утвержден в должности Начальника Корейской Миссии (Указ Владивостокского епархиального совета от 2 ноября за № 8079).
С поражением белого движения в Приморье стали невозможными церковные связи между Владивостоком и Сеулом. Миссия бедствовала. Начальник Миссии, иеромонах Феодосий, обратился с письмом к архиепископу Евсевию, все еще находившемуся Москве. Владыка Евсевий представил письмо Начальника Миссии Святейшему Патриарху Тихону, решением которого Миссия была изъята из подчинения Владивостокскому епархиальному управлению (Указ Синода от 4 ноября 1921 г. за № 1571). В соответствии с этим указом с момента получения синодального решения (26 января 1922 г.)
Миссия стала подчиняться архиепископу Токийскому Сергию (Тихомирову) – ближайшему русскому православному епископу, сохранившему верность Московскому Патриарху. Фактически Миссия отошла в ведение владыки Сергия в 1923 г.
Сеульская Миссия оказалась перед необходимостью срочной регистрации своей недвижимости, поскольку советские власти пытались претендовать на церковное имущество за границей на правах преемника Российской Империи. Существовала и опасность того, что на имущество Миссии станут претендовать живоцерковники. В случае соответствующего договора СССР с Японией, под чьей властью тогда находилась Корея, Сеульская Миссия могла лишиться всего своего достояния. Регистрация имущества на имя Русской Православной Церкви привела бы к потере собственности в будущем, регистрация на частное лицо повлекла бы за собой слишком высокое налогообложение, к тому же законность такой регистрации оспаривалась бы разными частными лицами. Было принято решение включить церковное имущество в «Имущественное общество Японской православной Церкви», признаваемое правящими японскими властями за юридическое лицо. Вскоре все имущество было зарегистрировано должным образом, о чем Начальник Сеульской Миссии сообщил архиепископу Токийскому Сергию в письме от 13 июля 1924 г. В Токио были направлены все соответствующие копии, оригиналы же хранились в архиве Сеульской Миссии (часть имущества еще прежде была зарегистрирована на частное лицо – игумена Владимира (Скрижалина), заведовавшего Миссией с 1914 до 1917 г.).
После прекращения нормальной связи с Московским Патриархатом Корейская Миссия несколько раз подвергалась попыткам захвата (как имущества, так и церковной власти) со стороны разных лиц. Первая такая попытка была сделана в 1925 г. при Начальнике Миссии архимандрите Феодосии. Дело носило имущественный характер и предпринималось лишь в целях наживы. При этом на место архимандрита Феодосия предполагалось поставить корейского священника. Зачинщики этой акции были силой выведены с территории Миссии русскими эмигрантами, нашедшими приют в Корее в послереволюционные годы.