В 1936 г. архиепископ Сергий назначил Заведующим Сеульской Миссии архимандрита Поликарпа (Приймака), который прибыл в Корею из Токио в апреле 1936 г. К краткому периоду 1936 – 1940 гг. относятся попытки возрождения миссионерской деятельности на территории Кореи. Миссия в 1936 г. организовала строительство часовни-церкви в Омпо (Северная Корея). Впрочем, успех их миссионерства не мог быть значительным – по-прежнему не хватало средств на открытие школ и на содержание катехизаторов. Деятельность Сеульской Миссии все-таки преимущественно была церковно-приходской. Паства архимандрита Поликарпа проживала в 17 населенных пунктах Кореи и насчитывала около 150 человек.
В июле 1940 г. собор православных японцев самочинно объявил о прекращении церковного общения с Русской Православной Церковью – митрополит Токийский Сергий был отстранен от управления Японской Церковью. Оставив кафедру, он, однако, не сложил с себя обязанностей Начальника Русской Духовной Миссии в Японии. Не отказался он и от архипастырского окормления Русской Духовной Миссии в Корее. В ведении митрополита Сергия Корейская Миссия и ее начальник находились с 1936 г. Более того, митрополит Сергий, лишенный помощи со стороны православных японцев, при помощи Сеульской Миссии обустроил на окраине Токио домовый храм, в котором совершал богослужения до своей смерти 11 августа 1945 г. Под давлением японских властей по военным и политическим обстоятельствам владыка Сергий 8 октября 1941 г. (резолюция № 212) был вынужден отказаться от попечения о Корейской Духовной Миссии. Всю полноту власти и ответственность за сохранность имущества владыка Сергий передал архимандриту Поликарпу, назначив его Начальником Духовной Миссии, подчеркнув собственноручно слово «Российской» в упомянутой выше резолюции.
Японские военные власти с началом войны строго ограничили деятельность Миссии духовным окормлением русских эмигрантов. Под предлогом усиления безопасности были запрещены поездки в миссионерские станы, были предприняты попытки ограничить общение русских с корейцами. За время войны, впрочем, Миссия не подвергалась попыткам захвата имущества (если не считать просьб японцев пожертвовать на нужды войны колокола из миссионерских станов – их власти взяли без разрешения архимандрита Поликарпа; колокола же в Сеуле удалось сохранить).
После окончания войны в соответствии с Указом Святейшего Патриарха Алексия I от 27 декабря 1945 г. № 31 управляемая архимандритом Поликарпом Корейская Миссия, «временно самостоятельная», находилась все-таки в ведении Московского Патриарха.
В период американского управления Кореей Сеул переполнился беженцами с Севера Кореи. Именно нехватка квартир и стала причиной новых покушений на собственность Миссии. Прибывали русские эмигранты, покидавшие Северную Корею и Китай. Некоторые из них участвовали в попытке захвата Миссии в 1925 г. Среди них был и диакон Алексий Ким Ки Хан. В 30-х годах он трудился в Миссии, но, по свидетельству архимандрита Поликарпа, по причине слабого образования и отсутствия интереса к миссионерской работе он был мало полезен для дела. Митрополит Сергий терпел его присутствие в Миссии лишь постольку, поскольку он был, по словам владыки, «осколком от старой Миссии» (Ким учился в миссийской школе в 1907 – 1912 гг.)
Диакон Алексий был временно принят на службу в Миссию из жалости и из нежелания давать повод упрекнуть русских в безразличии к миссионерским трудам среди корейцев.
В то время, видя доброжелательное отношение к христианским миссионерам со стороны американских военных властей в Корее, архимандрит Поликарп предпринял попытку упорядочить деятельность Миссии и расширить помещения для ризницы, библиотеки, церковных собраний и т. д. Для этого необходимо было отказать в аренде миссийских зданий ряду лиц, проживавших в Миссии и даже незаконно сдававших в целях прибыли часть занимаемых квартир. Обиженные квартиранты старались оклеветать архимандрита Поликарпа перед властями. В частности, пользуясь националистическими чувствами корейцев, эти люди распространяли слухи о том, что имущество Миссии принадлежит ненавистной Японии (при этом вспоминалось о регистрации собственности Миссии в 1925 г., проведенной архимандритом Феодосием). Архимандрит Поликарп писал председателю Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата митрополиту Николаю (Ярушевичу) 21 июля 1946 г.: «В Корее у нашей Миссии находятся «доброжелатели» из русских беженцев, которые по некоторым соображениям (главным образом, кажется, потому, что хотят удержаться в миссийских удобных для них квартирах) наговаривают американцам, что наша Миссия, мол, была японским имуществом… и потому-де теперь имущество должно перейти американцам…»[182]