В том же году, по совету старца преп. Амвросия, преп. игумен Исаакий обратил внимание на книжную лавку.
В начале восьмидесятых годов пришла старцу Амвросию мысль, вследствие его великого усердия к своим двум ангелам — монашескому и мирскому, т.е. Святителю Амвросию Медиоланскому и благоверному князю Александру Невскому, устроить в монастыре в честь этих святых особые приделы. Удобнее для сего места не представлялось, кроме рухлядного корпуса. И вот старец и настоятель, по обоюдному согласию, решились: первый перестроить рухлядный корпус на церковь, а последний, на счет монастырских сумм, устроить новое, более удобное помещение для рухлядной, тем более что прежнее помещение было уже и тесно. Вскоре слова их перешли в дело.
Преп. Исаакием затем докончена была постройка водопровода и воздвигнуты здания, новой гостиницы, хлебной, настоятельской кухни, братской, прачечной; переделаны булочная, братский корпус против Казанского собора, настоятельские покои, скотный двор и старые гостиницы по обеим сторонам св. ворот. При нем же в скиту, впрочем на скитские средства, устроен был придел во имя преп. Макария Египетского, в память почившего старца о. Макария, а впоследствии в монастыре, при деятельном участии монаха Оптиной Пустыни Иринарха (Субботина), приобретен большой колокол в семьсот пятьдесят пудов. Сверх всего исчисленного, преп. Исаакий, по благословению преосвященного Григория II, на пожертвованные в обитель деньги озаботился обезпечить ее строевым лесом и топливом, в которых Оптина Пустынь очень нуждалась. Была в обители такая скудость и нужда, что каждый брат сам для себя приобретал дрова на целый год, собирая их в прилегающем к монастырю помещичьем лесу. Чтобы увеличить припасы, необходимые для содержания рогатого скота и лошадей, преп. Исаакий разработал болотистую почву по реке Жиздре, пожертвованную обители еще прежде от казны и носящую название рыбной ловли, где вследствие этой разработки образовались богатые луга; прикупил к сему и еще пятьдесят десятин. Им же приобретены луговые участки на Волховской мельнице, пожертвованные в монастырь одной благодетельницей.
Большую нужду терпела обитель в восковых свечах для церковного употребления. Тогда преп. Исаакий пришел к мысли о необходимости устроить в монастыре собственный свечной завод, где можно было бы приготовлять свечи, согласно требованиям церковных правил, т.е. из чистого воска. Завод начал действовать с 1865 года, получая воск самого лучшего качества из Курска через посредство родственников преп. Исаакия. Дело пошло очень хорошо, вполне удовлетворяя потребности Оптинских храмов Божиих в монастыре и скиту.
К чести преп. Исаакия относится и то еще, что он поощрял усердие о. казначея Флавиана разводить в обители сады и огороды. Этот о. казначей был деятельным помощником преп. Исаакия во всех его трудах и заботах о материальном благо- устроении и обезпечении обители. О. Флавиан был неутомимый труженик на ниве Божией, которого преподобный ценил весьма высоко, любил и уважал до самой его кончины, последовавшей 30 мая 1890 года. В отношении же письмоводства главным помощником преп. Исаакия был его письмоводитель иеромонах о. Макарий Струков, впоследствии архимандрит, настоятель Можайского Лужецкого монастыря. И о. Исаакий до конца жизни своей относился к нему с благодарностью и сердечным расположением, высоко ценя его 25-летние труды для обители. Таким образом, деятельность преп. Исаакия на пользу св. обители с внешней стороны почти не отличалась от деятельности предшественника его, преп. Моисея. Разница только в том, что при преп. Исаакии обитель внешне устроилась, когда у нее уже были достаточные средства, а преп. Моисей во все время своего настоятельствования, по его собственному выражению, был «богат только нищетою».
Но, если преп. Исаакий обращал такое большое внимание на внешнее благоустройство монастыря, то тем большее попечение имел он о внутреннем благоустроении насельников его, которое после преп. Моисея было в цветущем состоянии, причем духовные силы преимущественно сосредоточены были в скиту, откуда, как светлое солнце, сияло самое старчество, столь прославившее Оптину Пустынь. Здесь во главе духовных подвижников стоял великий ученик блаженного старца Макария — старец о. Амвросий.
Преп. Амвросий вполне заменил для преп. Исаакия его духовного отца и руководителя, покойного старца Макария. Мир и согласие, царствовавшие в обители, свидетельствовали о благотворном влиянии, которое имело старчество среди ее сынов, насаждая в них добродетели любви и послушания.
Возлагая на старца духовное окормление братии, преп. Исаакий и сам не оставлял руководствовать их к добродетельной жизни и с этой целью, при каждом удобном случае, обращался к ним с приличными наставлениями. Наставления эти были просты, тем не менее назидательны и действенны.