Вначале студент колебался по поводу избрания специальности, однако знакомство с профессором геологии Джоном Брэннером решило вопрос. Брэннер, к этому времени уже известный ученый, был одним из основателей Стэнфордского университета и одно время являлся его президентом. Он основал здесь отделение (департамент) геологии и руководил ежегодными летними экспедициями. Участвуя в них, Гувер проявил большое трудолюбие, упорно овладевал знаниями и практическими навыками. Он включался в работу на самых тяжелых участках, оказавшись не только физически выносливым, но и изобретательным. Вскоре он стал одним из самых близких к Брэннеру учеников.
В студенческие годы Герберт чуждался всяких общественных мероприятий, даже не стал членом ни одного братства. Все силы, всю энергию он направлял на овладение специальностью. Было, однако, важное исключение. Он познакомился со студенткой университета Лу Генри, которая изучала одновременно геологию и иностранные языки. Это была удивительная девушка, не только по его мнению, но и в глазах других молодых людей, которые пытались добиться ее благосклонности. Великолепная наездница, увлекавшаяся охотой, она проявила и прекрасные способности в овладении языками. Помимо главных европейских языков, она изучала китайский и практиковалась в нем, общаясь с рабочими-китайцами, трудившимися в Калифорнии.
Молодые люди сблизились. Лу была дочерью банкира, и ее финансовое положение позволяло брак с неимущим студентом. Герберт, однако, был убежден, что он сам, а не отец жены должен содержать семью, и Лу с ним согласилась. Брак был отложен. Молодые люди поженились в 1899 г., когда материальное положение Герберта было таковым, что он счел себя в состоянии создать семью. В следующие годы Лу всячески помогала мужу в его профессиональных и общественных делах, одновременно являлась переводчицей, а позже вела регулярные радиопередачи на общественные и этические темы.
У Герберта было еще одно увлечение. Он страстно полюбил классическую музыку и стал организатором концертов видных исполнителей, которые оказывались в Калифорнии. Одним из тех, кого удалось уговорить выступить перед студентами за сравнительно небольшую плату, был польский композитор и пианист Игнаций Падеревский, который позже станет видным политиком и на некоторое время возглавит правительство независимой Польши. Через многие годы после этого концерта польский премьер, находясь в США, счел необходимым встретиться с руководителем Американской администрации помощи Гувером, чтобы поблагодарить за оказание помощи его народу в военные и послевоенные годы. Он был поражен, когда услышал в ответ: «Вы, конечно, этого не помните, но я — тот самый студент, которого вы так выручили, когда я находился просто в долговой яме».
Герберт Гувер окончил университет в 1895 г., получив степень бакалавра в области геологии и специальность горного инженера. Вначале он не мог найти работу по профессии, что было связано с кризисом середины 90-х гг., но довольно быстро устроиться на фирму Луиса Джанина, считавшуюся одной из наиболее успешных и квалифицированных в западной части страны. Он участвовал в горных разведках в Неваде и Калифорнии и в течение двух лет выдвинулся в число ведущих инженеров компании.
Герберт оставался молодым человеком, жаждавшим приключений, знакомства с новыми странами и хороших заработков. Он договорился с совместной англо-американской компанией