Когда война завершилась, деятельность Гувера по снабжению продовольствием продолжилась, но характер ее изменился. В феврале 1919 г. Конгресс принял закон о помощи голодающей Европе, согласно которому создавалась Американская администрация помощи — АРА (
В декабре 1921 г. Конгресс США по предложению Гувера, несколько раз выступавшего на заседаниях, выделил 20 млн долларов для закупки продовольствия у фермеров с целью отправки в Россию. Позже были ассигнованы еще 24 млн, что позволило распространить помощь на взрослое население. Всего АРА оказала помощь 10–11 млн граждан России. По мнению Всероссийской чрезвычайной комиссии, сотрудники АРА занимались сбором разведывательной информации, что, однако, документально не подтверждено.
Гувер получил общеамериканскую известность. Он был включен в состав делегации США на Парижской мирной конференции. Там он поддержал заключение Версальского мира, но выступал против чрезмерных репараций, налагаемых на Германию. Осуждая большевизм, он призывал Вильсона не посылать американские войска на территорию России, считая, что белые правительства ненамного лучше, чем власть Ленина.
Расхождения с Вильсоном и собственные умеренно консервативные позиции привели к тому, что Гувер в 1920 г. заявил, что, не являясь членом Республиканской партии, он в целом поддерживает ее и будет голосовать за ее представителя на предстоящих выборах. Его имя называлось в числе возможных кандидатов, но он после колебаний отказался баллотироваться.
Понимая ценность документального материала, который оказался в его руках во время войны, Гувер в 1919 г. подарил свою «военную коллекцию», как он ее назвал, Стэнфордскому университету. Он также передал университету 50 млн долларов на пополнение коллекции исторических документов. В Европу были посланы исследователи, начавшие собирание документов, брошюр, прокламаций, афиш и других всевозможных материалов, связанных с войной и последовавшими за ней революциями. В результате в 1922 г. в университете была образована Гуверовская военная библиотека, которая затем пополнялась и выросла в мощное архивное и исследовательское учреждение. В 1957 г. учреждению было присвоено его современное наименование — Гуверовский институт войны, революции и мира. Находясь на территории Стэнфордского университета в Пало-Алто (Калифорния) и входя в его систему, Гуверовский институт является самостоятельным научно-исследовательским и собирательским документальным центром. Авторы этой работы широко использовали архивные фонды Гуверовского института в своих исследованиях.
На выборах 1920 г. Гувер поддержал Гардинга, который назначил его секретарем по делам торговли. Это была тогда второстепенная правительственная должность с неопределенным кругом обязанностей. Гувер принял назначение, рассматривая, скорее всего, новую должность как стартовую площадку для дальнейшей карьеры политика. Свой пост он сохранил и при следующем президенте Кулидже. Биографы сходятся в том, что именно при Гувере Департамент торговли стал превращаться в одно из ведущих административных учреждений США. А самого министра очевидцы часто называли «человеком-динамо», работавшим чуть ли не круглосуточно. Он был еще сравнительно молод: в 1921 г., когда он занял свой пост, ему исполнилось 47 лет. Он был силен и здоров, энергичен и изобретателен.
Хотя он придерживался принципов свободной экономики, сама жизнь заставляла активно вмешиваться в ее регулирование, особенно в новые отрасли, бурно развивавшиеся в «эпоху процветания» 20-х гг. Были созданы многочисленные новые подразделения департамента, занимавшиеся проблемами авиации, радио, индустрией развлечений, экономической статистикой и др. Особое внимание уделялось стандартизации продукции, всячески поощрялась «заморская торговля». Гувер активно вмешивался в дела других ведомств, начиная с Госдепартамента и завершая Департаментом внутренних дел, поскольку все они так или иначе были связаны с торговыми операциями. Его прозвали секретарем по делам торговли и заместителем секретаря во всех остальных департаментах.