Великий князь Константин Константинович после обряда венчания Николая II записал в своём дневнике:
В письме сыну Георгию Мария Фёдоровна «вылила» свою душу:
Сын-император из любви и уважения к своей дорогой «Мама» поселился с молодой женой в Аничковом дворце. Он не хотел оставлять мать одну. Почти два месяца у них гостила сестра Марии Фёдоровны Александра, герцогиня Уэльская. Когда она уезжала, вдова русского царя горько плакала.
В жизни датской принцессы наступил новый период. Отныне она как вдовствующая императрица лишь присутствовала, правила же германская принцесса. И это несмотря на то, что сын, император Николай II, оставил за матерью все привилегии. Сохранил он за ней и некоторые обязанности. Как и прежде, Мария Фёдоровна должна была руководить главной благотворительной организацией России, так называемым Ведомством учреждений императрицы Марии, основанным ещё супругой Павла I принцессой Вюртембергской, а также Обществом Красного Креста.
В Аничковом дворце Николай II с супругой прожили до весны. Затем молодые переехали в Царское Село, которое стало их любимым местом пребывания. Мать имела возможность наблюдать, что Ники действительно влюблён в свою принцессу. Конечно, она была рада за сына, но и обеспокоена: ей казалось, он становится слишком зависимым от этой женщины, несколько замкнутой и скованной в поведении и, что называется, нелюдимой. Свекрови, прожившей в России уже почти тридцать лет, было трудно понять, что невестка не стремится приобретать популярность, не старается обязательно нравиться. Аликс достаточно было, что муж её безгранично любит.
Напряжённость, возникшая в отношениях между Марией Фёдоровной и её невесткой, никогда не приводила к открытому конфликту, но нередко достигала опасной грани. Обе женщины разительно отличались своими характерами, привычками и взглядами на жизнь. Так что соблюдалась лишь формальная сторона общения. Всё это тоже накладывало определённую тяжесть на душу вдовы.
В июле 1895 года Мария Фёдоровна стала бабушкой: великая княгиня Ксения Александровна родила свою единственную дочь Ирину, а в ноябре того же года родилась дочь и в семье сына-императора. Имя первой дочери Николай II согласовал со своей «дорогой Мама». Мария Фёдоровна писала сыну Георгию на Кавказ: «Ники буквально купается в счастье от своей новой роли отца».