27 октября гроб с телом усопшего императора отправили из Ливадии. В тот же вечер на корабле прибыли в Севастополь. Мария Фёдоровна, простившись с сыном Георгием, который должен был возвращаться в Аббас-Туман, села в поезд, в который внесли и гроб её мужа. Она ехала в том самом вагоне,
В Петербурге, куда прибыли спустя пять дней, Мария Фёдоровна не пропускала ни одной панихиды, которые служились ежедневно.
Погребение Александра III состоялось 7 ноября в Петропавловской крепости. Мария Фёдоровна не уронила ни одной слезы. Когда подходила к гробу для прощального поцелуя, закрыла глаза.
Многие годы впоследствии ей казалось, что её супруг вернётся к ней. Для неё он навсегда остался живым. Ни разу она не взглянула на него в гробу, сердце не велело, да и сил не было увидеть его безжизненным. Часто он приходил к ней в её сновидениях. Проснувшись после «свидания с ним», она не скрывала своей радости: он не забывает о ней.
Мария Фёдоровна в столь трудные для неё дни держалась самоотверженно: присутствовала на церемониях, принимала соболезнования множества именитых гостей, прибывших в Петербург почти из всех владетельных европейских домов, чтобы отдать последний долг русскому царю.
На престол вступил великий князь Николай Александрович. Через неделю после похорон состоялось его бракосочетание с принцессой Гессенской, ставшей в православии Александрой Фёдоровной. Отныне она первая дама в государстве, а Мария Фёдоровна получила официальный титул «вдовствующая императрица». Но казалось, что переход в новое качество датскую принцессу-вдову мало беспокоил. Её сердце переполняло одиночество.