Обыск был произведён ночью матросами-большевиками. Перевернув вверх дном весь дом, матросы ничего не нашли, кроме старых охотничьих ружей. В книге воспоминаний великой княгини Ольги Александровны так описывается обыск комнаты её матери: «...Помещение было в страшном беспорядке. Все ящики комодов пусты. На полу одежда и бельё. От платяного шкафа, стола и секретера оторваны куски дерева. Сорваны гардины. Ковёр, на котором в беспорядке валялись вещи, разодран, видны голые доски. Матрац и постельное бельё наполовину стащены с кровати, на которой всё ещё лежала императрица-мать. В глазах её сверкал гнев. На брань, которой покрывала погромщиков Мария Фёдоровна, те не обращали ни малейшего внимания. Они продолжали заниматься своим делом, пока особенно ядовитая реплика, которую они услышали от пожилой женщины, лежавшей на постели, не заставила одного из них заявить, что им ничего не стоит арестовать старую каргу. Лишь вмешательство великого князя Александра Михайловича спасло вдовствующую императрицу. Однако, уходя, большевики унесли с собой все семейные фотографии, письма и семейную Библию, которой так дорожила Мария Фёдоровна».
В Ай-Тодоре вдовствующая императрица, её дочери, зять и близкие им люди жизнь вели однообразную. Они были лишены свободного передвижения и возможности вести переписку без цензуры. Своему младшему брату Вальдемару Мария Фёдоровна написала в Данию:
«Сердце разрывается от всего этого отчаяния... Только Господь Бог может помочь нам вынести эти несчастья, которые постигли нас, как гром среди ясного неба....
Бедняга Ники... Я никогда не представляла себе, что можно вышвырнуть нас и что мы будем вынуждены жить как беженцы в собственной стране».
В это время старший сын находился под арестом в Царском Селе. В его дневнике есть запись от 6 мая 1917 года: «...Мысли особенно стремились к дорогой Мама. Тяжело не быть в состоянии даже переписываться. Ничего не знаю о ней, кроме глупых или противных статей в газетах».
Осенью до Марии Фёдоровны дошла весть, что Николай с семьёй в августе 1917 года отправлен в Тобольск. В сентябре она получила от него первое письмо, а в конце октября ещё одно, ответ на которое был её последним письмом к сыну:
«Дорогой мой, милый Ники́!
Только что получила твоё дорогое письмо от 27 октября, которое меня страшно обрадовало. Не нахожу слов тебе достаточно это выразить и от души благодарю тебя, милый! Ты знаешь, что мои мысли и молитвы никогда тебя не покидают; день и ночь о вас думаю, и иногда так тяжело, что кажется, нельзя больше терпеть...
Вот уж год прошёл, что ты и милый Алексей были у меня в Киеве. Кто мог тогда подумать, что нас ожидает и что ты должен пережить! Просто не верится! Я только живу воспоминаниями, и счастлива прошлым, и стараюсь забыть, если возможно, теперешний кошмар...