Дарвин, вероятно, (и, на мой взгляд, справедливо) видел происхождение примитивной жизни как относительно (и я подчеркиваю относительно) легкую проблему по сравнению с той, которую он решил: как жизнь, когда-то возникшая, развивала свое удивительное разнообразие, сложность и сильную иллюзию разумного замысла. Однако позже (в другом письме Хукеру) Дарвин рискнул высказать предположение о "совершенно неизвестном процессе", который все это начал. Он пришел к нему, размышляя, почему мы не наблюдаем возникновение жизни снова и снова.
Доктрина самозарождения лишь недавно была экспериментально атакована Пастером. Долгое время считалось, что в гниющем мясе самопроизвольно образовываются личинки, что морские уточки спонтанно порождают гусят и даже, что в грязном белье, помещенном вместе с пшеницей, самозарождаются мыши. Понятая превратно, теория самозарождения была поддержана Церковью (которая следовала в этом и многом другом за Аристотелем). Я говорю превратно, потому что, по крайней мере, с ретроспективной точки зрения, самозарождение было столь же прямым вызовом божественному созданию, какой всегда была эволюция. Идея, что мухи или мыши могли появиться самопроизвольно, весьма недооценивает громадное достижение, которым должно было быть создание мух или мышей: оскорбление Творца, как можно было бы подумать. Но ненаучное мышление не в состоянии понять, как сложны и, в сущности, невероятны муха или мышь. Дарвин был, возможно, первым, кто оценил всю величину этой ошибки.
Уже в 1872 году в письме Уоллесу, cооткрывателю естественного отбора, Дарвин нашел необходимым выразить свой скептицизм относительно "самозарождения коловраток и тихоходок", как говорилось в книге "Beginnings of life", которой он в остальном восхищался. Его скептицизм, как обычно, попал в точку. Коловратки и тихоходки – сложные жизненные формы, превосходно приспособленные к своим соответствующим образам жизни. Для них самозарождение означало бы, что они стали приспособленными и сложными "благодаря счастливому стечению обстоятельств, а в это я не могу поверить". Счастливые стечения обстоятельств такой величины были анафемой для Дарвина, какими они, по другой причине, должны быть и для Церкви. Общим принципом теории Дарвина было и есть то, что адаптивная сложность возникает через медленные и постепенные изменения, шаг за шагом, без единого шага, предъявляющего слишком большие требования к слепому случаю как объяснению. Дарвиновская теория, разделив случайность на маленькие шаги, нужные, чтобы поставлять вариации для отбора, представляет единственный реалистичный выход из объяснения жизни чистой случайностью.