Следующий шаг в организации сделала Екатерина Великая. Государыню беспокоили перебои в снабжении столицы, вызванные плохим состоянием речных путей между Петербургом и Тверью. В 1773 году Екатерина учредила должность главного директора водяных коммуникаций. Директор обязан был следить за качеством этих самых «коммуникаций». Первым директором стал Яков Сиверс — новгородский, а потом тверской и псковский губернатор.
Но главным достижением Екатерины стал программный документ, который назывался «Устав купеческого водоходства». В 1781 году особым манифестом «распубликовали» первую часть Устава, позже — вторую. Устав был обширным сводом законов и норм речного флота.
Устав определил обязанности и права лоцманов, рулевых, штурманов и капитанов. Например, капитан получал на судне полную власть и мог даже выпороть подчинённых, но «не более пяти ударов верёвкою или хлыстом». Устав требовал от речников если не образования, то хотя бы опыта: к работе разрешалось допускать «корабельщиков и штюрманов, знающих ход рек и вод». На судах строго запрещалось играть в карты и курить табак, зато разрешалось обороняться от лихих людей любыми способами, вплоть до смертоубийства. Устав вводил регистрацию судов, корабельную вахту и судовой журнал; принуждал на каждый рейс иметь «письменный вид» с указанием маршрута и груза. Хозяин груза был обязан оплачивать лечение в лазарете, если кто-нибудь из команды судна получал травму на работе. Любой, кто на реке терпит бедствие, даже разбойник или иноземный враг, объявлялся «под беспосредственным Самодержавным покровительством», то есть его надо было сначала спасти, а уж потом выяснять, достоин ли он спасения. Устав учреждал должность маклера, который заключал бы все сделки в судоходстве и подписывал «судовые крепости» о качестве работы. Устав определял правила найма работников и судов и размеры страховок. При «свалках», то есть при столкновениях, за которыми обычно следовали убытки и мордобой, Устав помогал найти виноватого и взыскать ущерб.
К сожалению, третья часть Устава — о верфях и «водоплавательных школах для снабдения водоходства людьми» — осталась ненаписанной. Тем не менее Уставом был сформирован облик речного флота России.
Екатерина не забыла, что водные пути надо содержать в исправности. В 1784 году она издала Указ о промере рек: «где найдутся мели, оные означить вехами для безопасности водоходства». Обязанность по благоустройству бурлацких троп-«бечевников» государыня возложила на губернские власти.
После появления Устава вполне логично было создать министерство речного флота. И в 1798 году император Павел учредил Департамент водяных коммуникаций. Сначала его возглавил многоопытный Яков Сиверс, потом — сенатор Николай Румянцев.
Особой заботой Департамента стало сооружение каналов. В 1805 году была достроена Березинская водная система, соединившая Березину, приток Днепра, и Западную Двину. В 1810 году появилась Мариинская система, соединившая Шексну, приток Волги, и Вытегру, впадающую в Онежское озеро. К 1804 году отремонтировали Огинский канал, соединяющий Припять, приток Днепра, и Неман. В 1811 году вступила в строй Тихвинская система, соединившая Мологу, приток Волги, и реку Сясь, впадающую в Ладожское озеро. Всеми работами руководил военный инженер генерал Франц де Воллан. Таким образом, в России была создана сеть водных трасс между Невой, Западной Двиной, Неманом, Днепром, Доном и Волгой. Каналы сделали общими бассейны трёх морей — Балтийского, Каспийского и Чёрного. Это был выдающийся результат.
В 1809 году, при императоре Александре I, герцог Ольденбургский провёл большую реформу Департамента. Все речные пути были разделены на 10 округов, каждый из которых состоял из отделений и дистанций. Появилась должность смотрителя судоходства. Сам Департамент был преобразован в Управление водяными и сухопутными сообщениями; оно расположилось не в столице, а в Твери, поближе к Волге. Был учреждён Корпус инженеров путей сообщения, который имел военную организацию, а в Петербурге открылся Институт Корпуса — первое профессиональное учебное заведение для специалистов по сухопутным и речным дорогам. В 1813 году Управление возглавил Франц де Воллан.
В 1809 году для Вышневолоцкой и Мариинской систем были разработаны особые правила судоходства; через несколько лет их распространили на все прочие «водяные коммуникации». И отныне речной флот России по-настоящему стал флотом.
Первый в России морской корабль, грозный парусный фрегат, был построен на реке и не сумел добраться до морского простора, а потому считается первым настоящим речным кораблём.
В середине XVII столетия Россия завела хороший торг с Персией, но купеческим судам угрожали пираты, рыскавшие по Каспию на остроносых фелюгах и мавнах. Купцы взмолились о защите от головорезов Хвалынского моря. В 1667 году царь Алексей Михайлович издал указ о строительстве большого военного корабля, который отгонит хищников от торговых путей.