Католическим правителям он предлагал простить их, если они уничтожат мятежников без суда и следствия. Протестантским правителям он рекомендовал молиться, раскаиваться и вести переговоры, но если крестьяне останутся непреклонными,
тогда быстро хватайтесь за меч. Ибо князь или господин должен помнить в этом случае, что он — служитель Божий и раб гнева Его (Римлянам, xiii), которому вручен меч для применения к таким собратьям….. Если он может наказать и не наказывает — даже если наказание заключается в лишении жизни и пролитии крови, — то он виновен во всех убийствах и во всем зле, которое совершают эти люди….. Правители же должны идти дальше, ни о чем не заботясь, и с доброй совестью лежать, пока их сердца еще бьются….. Если кому-то это покажется слишком трудным, пусть вспомнит, что бунт нетерпим и что гибели мира следует ожидать каждый час.33
К несчастью Лютера, этот памфлет дошел до читателей как раз в то время, когда силы собственников начали усмирять восстание, и реформатор получил неоправданную заслугу за терроризм в подавлении. Маловероятно, что памфлет повлиял на хозяев; в их характере было обращаться с мятежниками с суровостью, которая послужит сдерживающим фактором в незабвенной памяти. Некоторое время они забавляли простых крестьян уговорами и обещаниями и тем самым уговорили многие банды разойтись; тем временем хозяева организовывали и вооружали свои отряды.
В самый разгар смуты курфюрст Фридрих умер (5 мая 1525 года), сам спокойный и умиротворенный, признав, что он и другие князья обидели крестьян, отказавшись присоединиться к крайним мерам возмездия и оставив своему преемнику, герцогу Иоанну, настоятельные советы по умеренности. Но новый курфюрст почувствовал, что политика его брата была неразумно мягкой. Он объединил свои силы с войсками герцога Генриха Брауншвейгского и Филиппа ландграфа Гессенского, и все вместе они двинулись против лагеря Мюнцера под Мюльхаузеном. Противоборствующие армии были равны только по численности — каждая насчитывала около 8000 человек; но герцогские войска были в основном обученными солдатами, в то время как крестьяне, несмотря на самодельную артиллерию Мюнцера, были плохо вооружены, недисциплинированы и расстроены от естественного испуга. Мюнцер полагался на свое красноречие, чтобы восстановить боевой дух, и повел крестьян на аир и гимны. Первый залп княжеских пушек уничтожил сотни людей, а напуганные повстанцы бежали в город Франкенхаузен (15 мая 1525 года). Победители последовали за ними и расправились с 5000 человек. Триста пленников были приговорены к смерти; их женщины просили о пощаде; она была дарована при условии, что женщины выбьют мозги двум священникам, которые поощряли восстание; так и было сделано, а торжествующие герцоги смотрели на это.34 Мюнцер спрятался, был схвачен, под пытками признался в ошибочности своих действий и был обезглавлен перед штаб-квартирой князей. Пфайффер и его 1200 солдат защищали Мюльхаузен; они были побеждены; Пфайффера и других вождей предали смерти, но горожан пощадили, заплатив выкуп в 40 000 гульденов (1 000 000 долларов?).
Тем временем Трухзесс путем переговоров захватил город Бёблинген и из его стен обрушил пушки на лагерь повстанцев снаружи (12 мая). Крестьяне, уцелевшие после этой канонады, были перебиты его кавалерией; на этом восстание в Вюртемберге закончилось. Повернув к Вайнсбергу, Трухзесс сжег его дотла и медленно поджарил Йекляйна Рорбаха, который руководил «резней в Вайнсберге». Далее Трухзесс разгромил крестьянские войска в Кёнигсхофене и Ингольштадте, захватил Вюрцбург и обезглавил восемьдесят одного избранного мятежника на память остальным (5 июня). Флориан Гейер бежал из Вюрцбурга в безвестность и остался заветной легендой. Гетц фон Берлихинген вовремя сдался, дожил до того, что сражался Карлом V против турок, и умер в собственной постели и замке в восемьдесят два года (1562). Ротенберг был взят 20 июня, Мемминген — вскоре после этого. Восстание в Эльзасе было подавлено: при Липштейне и Заберне (17–18 мая) было перебито от 2000 до 6000 человек. К 27 мая только в Эльзасе было убито около 20 000 крестьян, во многих случаях после сдачи в плен; воздух в городах был затхлым от зловония мертвецов.35 Маркграф Казимир приказал обезглавить некоторых сдавшихся крестьян, некоторых повесить; в более мягких случаях он отрубал руки или выкалывал глаза.36 Более здравомыслящие князья наконец вмешались, чтобы уменьшить варварство возмездия, и в конце августа Аугсбургский сейм издал рескрипт, призывающий к умеренности в наказаниях и штрафах. «Если все мятежники будут убиты, — спрашивал один философски настроенный дворянин, — где мы возьмем крестьян, которые будут нас обеспечивать?»37