В 1531 и 1532 годах он опубликовал первое и второе издания своего основного труда «De Trinitatis erroribus». Она была довольно запутанной и написана на грубой латыни, которая, должно быть, вызывала улыбку у Кальвина, если вообще вызывала; но по богатству библейской эрудиции она была поразительной для двадцатилетнего юноши. Иисус, по мнению Сервета, был человеком, в которого Бог-Отец вдохнул Логос, Божественную Премудрость; в этом смысле Иисус стал Сыном Божьим; но он не был равен или соприроден Отцу, Который мог передавать тот же дух мудрости другим людям; «Сын был послан от Отца не иначе, как в качестве одного из пророков».57 Это было довольно близко к представлению Мухаммеда о Христе. Далее Серветус перешел к семитскому взгляду на тринитаризм. «Все те, кто верит в Троицу в сущности Бога, — тритеисты»; и, добавлял он, они «истинные атеисты» как отрицатели Единого Бога.58 Это было по-юношески экстремально, но Серветус пытался смягчить свою ересь, вставляя рапсодии о Христе как Свете мира; большинство его читателей, однако, чувствовали, что он погасил свет. Чтобы не оставить камня на камне, он согласился с анабаптистами в том, что крещение должно совершаться только над взрослыми. Оеколампадиус и Буцер отреклись от него, а Серветус, изменив маршрут Кальвина, бежал из Швейцарии во Францию (1532).
17 июля инквизиция в Тулузе выдала ордер на его арест. Он думал уехать в Америку, но Париж показался ему более приятным. Там, маскируясь под Мишеля де Вильнева (фамилия), он изучал математику, географию, астрономию и медицину, а также флиртовал с астрологией. Великий Везалий был его сокурсником по препарированию, и учителя одинаково хвалили их. Он поссорился с деканом медицинского факультета и, похоже, вообще вызывал недовольство своей стремительностью, вспыльчивостью и гордыней. Он вызвал Кальвина на диспут, но не явился в назначенное место и время (1534). Во время шумихи, вызванной обращением Копа и еретическими плакатами, Серветус, как и Кальвин, покинул Париж. В Лионе он редактировал научное издание «Географии» Птолемея. В 1540 году он переехал во Вьенн (шестнадцать миль к югу от Лиона) и прожил там до последнего года, занимаясь медициной и ученостью. Из многих ученых, имевшихся в распоряжении лионских издателей-печатников, он был выбран для редактирования латинского перевода Библии, выполненного Сантесом Паньини. Работа заняла у него три года и вылилась в шесть томов. В примечании к Ис. 7:14, которое Иероним перевел как «дева зачнет», Серветус объяснил, что еврейское слово означает не девственницу, а молодую женщину, и предположил, что оно относится не к Марии, а просто к жене Езекии в пророческом смысле. В том же духе он указал, что и другие кажущиеся пророческими отрывки Ветхого Завета относятся только к современным фигурам или событиям. Это смущало как протестантов, так и католиков.
Мы не знаем, когда Серветус открыл легочное кровообращение — движение крови из правой камеры сердца по легочной артерии в легкие и через них, ее очищение там путем аэрации и возвращение по легочной вене в левую камеру сердца. Насколько известно, он не публиковал свое открытие до 1553 года, а затем включил его в свой последний труд «Восстановление христианства». Он включил эту теорию в богословский трактат, поскольку считал кровь жизненным духом человека, а значит, более вероятно, чем сердце или мозг, настоящим местом обитания души. Отложив на время решение вопроса о приоритете Сервета в этом открытии, отметим лишь, что он, очевидно, завершил «Восстановление христианства» к 1546 году, поскольку в том же году он отправил рукопись Кальвину.
Само название книги было вызовом человеку, написавшему «Институцию христианской религии»; кроме того, книга резко отвергала как богохульство идею о том, что Бог предопределил души к аду независимо от их заслуг или вины. Бог, говорил Серветус, не осуждает никого, кто не осуждает себя. Вера — это хорошо, но любовь лучше, и Сам Бог есть любовь. Кальвин счел достаточным опровергнуть все это и послал Серветусу экземпляр «Институтов». Серветус вернул его с оскорбительными примечаниями,59 а затем последовал ряд писем, настолько презрительных, что Кальвин написал Фарелю (13 февраля 1546 года): «Серветус только что прислал мне длинный том своих бредней. Если я дам согласие, он придет сюда, но я не дам своего слова, ибо, если он придет, если мой авторитет будет иметь хоть какую-то пользу, я не позволю ему выйти живым». 6 °Cерветус, разгневанный отказом Кальвина продолжать переписку, написал Абелю Пупену, одному из женевских священников (1547):
