Очень значительным было всеобщее возмущение политикой опричнины. Это недовольство населения поддерживала церковь. В знак протеста против опричнины митрополит Афанасий 19 мая 1566 г. оставил кафедру и удалился в монастырь. После совета с земскими боярами царь предложил занять митрополичью кафедру казанскому архиепископу Герману Полеву, но тот также негативно относился к политике, проводимой Иваном Грозным. Тогда против Германа выступила опричная дума, а через два дня его заставили оставить кафедру. Вынужденный учитывать мнение церкви и влиятельных земских бояр, царь согласился предложить кафедру игумену Соловецкого монастыря Филиппу, в миру Федору Степановичу Колычеву. Но и Филипп поставил условием принятия им сана отмену опричнины.
В июле 1566 г. был созван Земский собор по вопросу о продолжении Ливонской войны. Собор поддержал продолжение войны, но более 300 его участников подали царю челобитную об отмене опричнины. Это требование являлось предложением царю пойти на уступку в ответ на уступку самого собора, согласившегося ввести новые налоги на войну. Но в вопросе об опричнине Грозный на уступки не пошел. Все челобитчики были арестованы и вскоре выпущены, а троих, признанных заводчиками, казнили. Это были князь Василий Федорович Рыбин-Пронский, дворяне И. Карамышев и К. Бундов. Возможно, что Филипп добился у царя помилования многих челобитчиков. Но взамен ему пришлось согласиться с сохранением опричнины.
Сохранение опричнины означало продолжение репрессий и бесчинств, террора по отношению к населению. На фоне многочисленных казней 1566–1567 гг. современникам особенно запомнилась казнь боярина Ивана Петровича Челядина-Федорова. Этот был богатый и авторитетный в народе боярин, известный своей неподкупностью и справедливостью. Он во всем поддерживал царя и решительно отверг предложение польского короля Сигизмунда II Августа перейти к нему на службу. Но мнительный и подозрительный Иван Грозный не поверил Федорову. Перед казнью он заставил боярина надеть царскую одежду, взять скипетр и усесться на трон, затем стал воздавать ему царские почести, пародируя их, и, наконец, собственноручно зарезал его. Та же участь постигла и его жену Марию, и всех его слуг, а все имущество боярина было разграблено. Затем были убиты князья, которых Грозный считал сообщниками Федорова, и среди них — Дмитрий Михайлович Ряполовский, одержавший немало побед над крымцами.
Против злодеяний опричников выступил митрополит Филипп. 22 марта 1568 г. он отказался благословить царя и публично осудил опричнину и казни. Между тем бесчинства продолжались. По свидетельству очевидцев, опричники, которых возглавляли князь Вяземский, Малюта Скуратов и Василия Грязной, насильно забирали прямо из домов дворян, дьяков, купцов их жен, известных своей красотой, и вывозили их из Москвы. Их на выбор представляли царю, который некоторых отбирал для себя, а других оставлял опричникам. Многие из несчастных женщин, над которыми надругались царь и опричники, вскоре умерли.
По совету своего духовника протопопа Благовещенского собора Евстафия царь инициировал следствие против ненавистного ему митрополита Филиппа, чтобы осудить его за недостойное якобы поведение в бытность игуменом Соловецкого монастыря. Ложные, но необходимые для царя показания дал новый Соловецкий игумен Паисий. Из страха перед царем церковные иерархи низложили Филиппа. И когда 8 ноября 1568 г. святитель вел службу в Успенском соборе, туда явились опричники во главе с Алексеем Басмановым, сорвали с митрополита его ризы и выгнали из собора метлами. Затем его сослали монахом в тверской Ороч монастырь. Позже он был задушен Малютой Скуратовым по приказу Грозного, который так и не смог простить непокорного святителя.
Между тем продолжалась Ливонская война. В 1563 г. русское войско взяло Полоцк. Это был крупный успех. Но в 1564 г. поляки нанесли русским войскам два серьезных поражения — 26 января на реке Улла и 2 июля под Оршей. На этом фоне нарастал конфликт Ивана IV с Боярской думой, недовольной возвышением безродных опричников и стремлением царя править самовластно. В то же время росла подозрительность Ивана Грозного по отношению к боярам, некоторые из которых пытались укрыться от царского произвола в Литве, не всегда, однако, удачно. По подозрению в измене после поражения при Улле были убиты по приказу царя Михаил Петрович Репнин и Юрий Иванович Кашин, проявившие себя при взятии Полоцка. Репнина при этом арестовали в церкви и убили на улице, а Кашина — во время утренней молитвы.
