В 1564 г. бежал в Литву с театра войны князь А. М. Курбский, незадолго до того назначенный воеводой в Юрьеве (Дерпте), где оставил жену и сына и написавший оттуда Ивану письмо с обвинениями в жестокости и оправданием своего поступка правом слуг царских отъехать, раз их освященное историей положение в Москве попирается царем. По существу, это было обвинение в разрыве царя с устоями, на которых держится православное царство. На это Иван ответил Курбскому обширным посланием с обвинением бояр, которые во главе с Сильвестром стремились устранить его, самодержавного богоданного царя, от всякого участия во власти, оставить ему только титул и честь «председания» в их совете, и укрепляли положение аристократии произвольной раздачей земельных приобретений Иоанна III и Василия III. Царь отверг все обвинения князя. При этом он подчеркивал, что именно тот строй, когда «Российское самодержавство изначали сами владеют своими государствы, а не бояре и вельможи», более всего соответствует устоям православного царства. Иной же порядок, когда государи «царствии своими не владеют, как им повелят работные их, так и владеют». Еще один провозглашавшийся им принцип: «жаловати есмя своих холопей вольны, а и казнити вольны же» — являлся главным принципом будущего правления Ивана Грозного.
Под прямым влиянием письма Курбского Иван, не имея возможности установить свое самовластное правление и полностью ликвидировать самостоятельность Боярской думы и церкви, 3 декабря 1564 г. покинул Москву, отправившись якобы на богомолье по монастырям. Но вместе с собой царь взял царицу, царевичей, придворный штат, военную охрану, дворцовую казну и церковные святыни. Поездив по монастырям, он остановился в Александровской слободе. 3 января 1565 г. в Москве были получены две грамоты от Ивана. Одна, с обвинением бояр в измене и своекорыстии и духовенства в потворстве злым своим заступничеством, объявляла, что, не желая терпеть этого, он оставил свое государство и поехал поселиться, где Бог ему укажет. Другая, на имя «черных» людей и купцов Москвы, гласила, что на них царь гнева не имеет и не налагает на них опалы. И тогда 5 января от Москвы была послана депутация во главе с митрополитом Афанасием просить Грозного вернуться на царство. Ловко сыграв на монархических чувствах народа, Иван согласился, но в качестве условия своего возвращения поставил выделение ему особого удела — опричнины, где он установит свое правление и подберет себе верных людей. Еще одним условиям он поставил предоставление ему права класть опалу, казнить изменников и конфисковать их земли без того, чтобы за них заступалась церковь. На остальной территории страны — земщине — оставался прежний порядок управления.
Опричнина, составившая в противовес земщине личное владение царя, должна была обеспечивать нужды его «особого обихода дворцового», заново реорганизованного. В Москве, на Воздвиженке, был построен новый дворец; к нему приписаны в самой Москве некоторые улицы и слободы и вне ее ряд городов, сел и волостей, которые обложены были «кормленым окупом» на содержание многочисленного придворного штата и тысячного корпуса личных телохранителей, размещенных на территории опричнины и на местах выведенных теперь прежних вотчинников и помещиков, которые лишались своих земель «с городом вместе, а не в опале, когда государь брал город в опришнину» и испомещались на территории земщины. Земщину, «государство свое Московское», Иоанн приказал ведать боярам, которым повелел «быти в земских». Только в особо важных случаях земские бояре должны были обращаться с докладом к Ивану.
В жизни и личном поведении Ивана это обособление царя и его будничного обихода сказывалось в крайне отрицательных и подчас странных формах. Методы проведения опричной политики были кровавыми и страшными.
Опричников боялись и ненавидели, поскольку земский человек был бесправен перед ними. Метла и собачья голова, которую опричники прикрепляли к своему седлу, стали символами опричнины. Склонный не только к казням и расправам, но и к шутовству и юродству, Грозный представлял опричников в виде монашествующей братии. Поэтому они носили грубые рясы, под которыми скрывались богатые одеяния. Распорядок дня в Александровской слободе, являвшейся центром опричнины, где царь часто проживал, был своеобразной пародией на монашескую жизнь. Совместные молитвы и трапезы, в которых участвовал царь, сменялись пытками в застенках, в которых он также принимал участие. Будучи одновременно и мучителем, и актером, он в Слободе играл роль игумена.
Одновременно Иван Грозный, абсолютно уверенный в божественном происхождении совей власти, выступал в роли бога, а опричники представлялись в виде чертей, призванных наказывать грешников. Наиболее видные из опричников того времени — Алексей Данилович Басманов-Плещеев, князь Афанасий Иванович Вяземский, а особенно — любимец царя и главный палач опричнины с конца 60-х гг. Григорий Лукьянович Скуратов-Бельский по прозвищу Малюта.
