При Елене Глинской, в 1535 г., была проведена монетная реформа, установившая единую монету по всей территории государства на основе серебряной Новгород-ки-копейки, на которой чеканился всадник с копьем. Укреплению государственного единства в этот период способствовала также фактическая ликвидация двух удельных княжеств — Дмитровского в 1534 г. и Старицкого в 1537 г. Так, через несколько дней по кончине Василия по приказанию Елены был схвачен старший из братьев покойного, Юрий Дмитровский, по обвинению в крамоле и посажен в тюрьму. Младший брат Андрей не был заподозрен в соумышленничестве с Юрием и спокойно жил в Москве до сорочин по великому князю Василию. Собравшись уезжать к себе, в Старицкий удел, Андрей стал припрашивать городов к своей вотчине; в городах ему отказали, а дали вещи — шубы, кубки, коней. Андрей уехал недовольный. Нашлись люди, которые об этом передали Елене, а Андрею сообщили, что его хотят схватить. Приезд Андрея в Москву для личного объяснения с правительницей не положил конца взаимным недоразумениям. В Москву доносили, что Андрей собирается бежать. Елена послала звать князя Старицкого в Москву на совет о войне казанской в 1537 году. Три раза приглашали его в Москву, но он не ехал, отговариваясь болезнью. Тогда было снаряжено в Старицу посольство из духовных особ, и, вместе с тем, было двинуто сильное войско, чтобы отрезать путь к литовской границе. Узнав об этом, Андрей направился в Новгородскую область, где ему удалось возмутить многих помещиков. Настигнутый великокняжеским войском под начальством любимца Елены князя Овчины-Телепнева-Оболенского, Андрей не решился вступить в битву и согласился приехать в Москву, понадеявшись на обещание Оболенского, что там не сделают с ним ничего худого. Елена, однако, сделала Оболенскому строгий выговор, зачем без ее приказания дал клятву князю. Андрей был заключен в тюрьму, где и умер через несколько месяцев в 1537 г. Его жена Ефросиния и сын Владимир также были посажены в тюрьму.
Внутренние трения в правительственной среде были тогда обусловлены исключительной близостью к Елене Васильевне одного из бояр, князя Ивана Федоровича Овчины-Телепнева-Оболенского. Одни бояре, недовольные всевластием фаворита, отъезжали за границу, другие подвергались заточению.
4 апреля 1538 г. Елена Глинская умерла. По сообщению Герберштейна, она была отравлена. До сегодняшнего дня доказательств этому нет, однако сведения эти имеют под собой веские основания, если учесть, что могущество Овчины вызвало глубокую ненависть к нему со стороны бояр, которые понимали, что избавиться от всесильного временщика можно только избавившись от великой княгини. В результате Иван, не достигший еще восьмилетнего возраста, остался круглым сиротой.
Позже появится слух, что истинным отцом Ивана Грозного был не великий князь Василий III, который не мог зачать ребенка на протяжении четырех лет совместной жизни со своей второй женой, а Иван Федорович Овчина, появившийся на политическом горизонте как раз перед рождением княжеского первенца.
Все это, разумеется, не могло не сказаться на характере молодого Ивана. Мать не смогла стать для него наставницей жизни в той же мере, в какой мог бы стать его отец. Да и она слишком мало успела сделать в его воспитании. К тому же мальчик рос в обстановке дворцовых интриг, заговоров и постоянной борьбы за власть. Впечатлительный ум ребенка впитывал в себя все происходившее и воспринимал это как норму взаимоотношений между людьми. С раннего детства Иван видел гибель знакомых ему людей, в том числе своих родственников, благодаря чему у него выработалось убеждение, что человеческая жизнь не имеет никакой цены, а родственные связи ничего не значат.