Что произошло в Угличе 15 мая 1591 г. на самом деле, сегодня не знает никто. Действительно, Годунов опасался Нагих и для надзора за ними прислал в Углич дьяка Михаила Битяговского, наделив его самыми широкими полномочиями и даже вменив ему в обязанность выдавать деньги вдове Грозного и ее братьям. Нагие ненавидели Бориса и других бояр и ждали смерти Федора, надеясь, что после этого престол унаследует Дмитрий. Дмитрия также воспитывали в этой ненависти. До Москвы доходили слухи, что царевич в Угличе срубал головы деревянной саблей снежным бабам, которых называл именами бояр, и эти слухи вызывали у бояр тревогу. И если бояре опасались, что на престоле Дмитрий мог бы оказаться похожим на своего отца, то у них были на это основания.
Нагие, и прежде всего мать царевича Мария и дядя его Михаил, который был в то время сильно пьян, заявили, что Дмитрия убили, и убили его сын ненавистного им дьяка Битяговского Даниил, племянник дьяка Никита Качалов и сын мамки царевича Василисы Волоховой Осип.
Для расследования событий в Угличе Федором была назначена комиссия во главе с боярином князем Василием Ивановичем Шуйским. Как позже показало следствие, перед самым приездом комиссии Михаил Нагой велел своим слугам подбросить ножи рядом с брошенными в ров трупами Битяговских. Ножи предварительно испачкали кровью зарезанной курицы. Но комиссия без труда разоблачила эту наивную попытку фальсификации вещественных доказательств.
Комиссия Шуйского провела большую работу и опросила свидетелей трагедии. Судя по расспросам свидетелей, с Дмитрием случился припадок падучей болезни во время детской игры с ножом в «тычку». С ножом в руках он забился в припадке, упал на землю и порезал горло. Смерть была неизбежна.
Следовательно, комиссия пришла к выводу, что царевич зарезал сам себя. В дальнейшем Шуйский в зависимости от политической ситуации, дважды менял показания. Так, в 1605 г., когда престол захватил Лжедмитрий I, он утверждал, что Годунов приказал убить царевича, но убит был другой ребенок, а Дмитрий чудесным образом спасся. Затем, после того, как в 1606 г. царем стал он сам, Шуйский заявил, что погиб действительно царевич, и это было убийство по тайному приказу Годунова.
Годунов был весьма непопулярен в разных слоях русского общества. Поэтому слухи о намерении его убить царевича Дмитрия с целью завладеть престолом, как и о чудесном спасении царевича получали широкое распространение. При Романовых версия об убийстве царевича по тайному приказу Бориса стала официальной, а в дальнейшем ее приняли и многие историки.
В конечном итоге, после отчета следственной комиссии, правительство обвинило Нагих в измене, выразившейся в убийстве дьяка М. Битяговского и других людей. Арестованы были все Нагие, а также участники угличского бунта. Мария Нагая была выслана в отдаленный монастырь Св. Николая вблизи Белоозера и пострижена под именем Марфы. Нагие были посажены в разные тюрьмы, а их люди были казнены и высланы в Сибирь. В Сибирь «сослали» даже угличский колокол, предварительно отрезав у него «язык» и «ухо». Так завершилось угличское дело 1591 г.
С гибелью царевича Дмитрия надежд на продолжение династии Рюриковичей, правившей на Руси уже более 700 лет, оставалось немного. Однако в 1592 г. у Федора и Ирины, наконец, родилась дочь, которую назвали Феодосией. Но уже через два года царевна умерла. Смерть царевны Феодосии дала повод для появления еще одного слуха — о том, что по приказу Годунова родившегося у царицы Ирины сына подменили девочкой. Основываясь на этом слухе, за сына Федора «царевича Петра» будет выдавать себя в 1606 г., при Лжедмитрии I и во время восстания И. Болотникова муромский посадский человек Илейка Горчаков, который появится у казаков на Тереке. В смерти племянницы враги также обвиняли Годунова.
На протяжении всех 14 лет царствования царя Федора по существу ничего не изменилось в его жизни. Государственными делами он заниматься не мог. День царя состоял в следующем. Вставал он около четырех часов утра. После того, как его умоют и оденут, Федор молился у себя в комнате в присутствии придворного священника и дьяков. Окончив молитву, царь посылал к царице своих приближенных узнать о ее здоровье и через некоторое время сам шел здороваться с ней в комнату, находящуюся посередине между его и ее спальнями. Только накануне постов царь с царицей ели и спали вместе, все остальное время они проводили порознь. После свидания они вместе шли в придворную церковь на утреннюю службу и проводили там около часа. По окончании заутренней царь возвращался во дворец, где его уже ждали особо приближенные бояре для совета.
Около девяти часов утра Федор отправлялся в кремлевскую церковь слушать обедню, которая длилась около двух часов, и во время которой он выслушивал доклады членов Боярской думы. После службы царь возвращался во дворец и отдыхал до обеда.
