По приказу царя в ночь на 26 октября 1600 г. несколько сот стрельцов начали штурм хорошо укрепленной усадьбы Романовых на Варварке. Несколько десятков сторонников Романовых было убито при штурме, а многие казнены без суда и следствия. Был произведен обыск на захваченном подворье и обнаружены коренья. Улики были доставлены в Боярскую думу, на суд которой был отдан весь клан Романовых, давних конкурентов Годунова в борьбе за царский престол.
Суд признал Романовых виновными в покушении на жизнь царя и государственной измене. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Колдовские процессы над знатью в Западной Европе обычно кончались кострами и лишь в единичных случаях — плахами и виселицами. Однако Годунов поступил с Романовыми относительно мягко. Главный «изменник» Александр Никитич был сослан к Белому морю в Усолье-Луду. Как записал летописец, по приказу царя приставы удушили узника и там же похоронили. По словам же иностранца Исаака Массы, боярина «истомили в горячей бане».
Второго брата Романова, Михаила Никитича, сослали в Пермь, третьего, Василия Никитича, — в Яранск, четвертого, Ивана, — в Пелым. Первые двое также умерли в ссылке, Иван Никитич уцелел.
Главного же своего противника, старшего из братьев Романовых — Федора Никитича, Борис решил лишить всякой возможности занять царский трон. Он приказал постричь боярина в монахи. В монашестве Федор стал именоваться Филаретом. Инок не мог более претендовать на царский титул. Инока Филарета сослали в Антоново-Сийский монастырь, который располагался на острове посреди озера, а вокруг простирались глухие леса и болота.
Жену Федора, Ксению Ивановну Шестову, обвинили в том, что она советовалась с братьями мужа. Иначе говоря, Ксению считали душой заговора. Поэтому ее также постригли в монахини под именем Марфы и заточили не в монастырь, где она могла бы оказывать вредное влияние на стариц, а в пустынном погосте в Заонежье.
В ссылку на Белоозеро был отправлен и четырехлетний сын Федора Никитича Михаил Романов, будущий основатель царской династии Романовых. Борис подверг разгрому многочисленную родню Романовых — князей Черкасских, Репниных, Шестуновых, Сицких, Карповых. Все вотчины опальных были взяты в казну, имущество конфисковано и пущено в распродажу.
Таким образом Борис Годунов расправился со своими последними противниками в борьбе за власть, влиятельными боярами Романовыми. Борис был беззастенчив и жесток в устранении своих политических противников, но только реальных, а не выдуманных. Он не любил устраивать казни на площадях, торжественно и громогласно проклинать изменников. Его врагов тихо арестовывали, тихо отправляли в ссылку или в монастырскую тюрьму, а там они тихо, но обычно быстро умирали — кто от яда, кто от петли, а кто неизвестно от чего.
Во время правления Ивана Грозного страна была ввергнута в сильнейший экономический кризис. Борис Годунов положил много сил, чтобы вывести государство из кризиса. Но поскольку выход из кризиса шел крепостническим путем, то в крестьянстве зрело недовольство. Россия шла по пути усиления крепостного права.
Первый шаг к закрепощению был сделан еще при Иване Грозном в 1581 г., когда временно запретили переход крестьян от одного владельца к другому в Юрьев день. Были введены так называемые «заповедные лета».
В царствование Федора Ивановича были приняты новые крепостнические указы. В 1592 г. начинается составление писцовых книг, которые рассматривались как официальный документ, прикреплявший крестьян к земле и феодалам как ее собственникам. Указ 1597 г. установил «урочные лета», то есть вводился пятилетний срок сыска всех беглых и насильно вывезенных крестьян для возвращения прежним владельцам. В это же время положение холопов сближается с положением крепостных крестьян.
Правительство Бориса Годунова шло на прикрепление крестьян к земле, руководствуясь прагматическими соображениями, стремлением ликвидировать и предотвратить запустение центральных уездов. В это время прослеживается тенденция к усилению эксплуатации крестьянства и отдельными феодалами, и государством в целом.
Для этого были две причины. Во-первых, численность феодалов росла быстрее, чем численность крестьян: в условиях длительной войны правительство постоянно рекрутировало в состав «детей боярских» выходцев из плебейских слоев, раздавая им за службу поместья с крестьянами. Уменьшение средних размеров феодальных владений при сохранении феодалом жизненного уровня прошлых лет привело к тому, что повинности крестьян неуклонно возрастали. Во-вторых, многие феодалы не ограничивались сохранением жизненного уровня, а стремились к его росту.
Ко всему этому добавились и стихийные бедствия. В 1601 г. необычайные ливни и очень ранние морозы вызвали по всей стране неурожай, который привел к массовому голоду с тяжелыми последствиями. Подобная ситуация повторилась и в 1602, и в 1603 гг. Казалось, будто сама природа восстала против Бориса.
